Растущую поддержку рабочих Перон использовал для укрепления своего положения в правительстве. Воспользовавшись тем, что президент Рамирес в январе 1944 разорвал дипломатические отношения с державами Оси, группа Перона вынудила его уйти со своего поста и поставила на его место генерала Эдельмиро Фарреля. Перон стал вице-президентом и министром обороны, сохранив пост министра труда. В течение последующих полутора лет Перон стал фактическим главой военного правительства.

Тем временем к противникам режима применялись жесткие меры. Правительственными декретами, принятыми в конце 1943, временные ограничения свободы печати были узаконены, а все политические партии объявлены вне закона. Для обеспечения поддержки католической церкви в государственных школах было введено обязательное религиозное воспитание. Несогласные с режимом политические и профсоюзные деятели были подвергнуты тюремному заключению, отправлены в концентрационные лагеря или высланы из страны.

В середине 1945 временное правительство предприняло первые шаги, направленные на восстановление конституционного строя. Была объявлена амнистия, разрешены политические партии и даже восстановлена – на какое-то время – свобода слова и печати. Но когда оппозиционные круги восприняли свои права всерьез и организовали в конце сентября массовый марш протеста, правительство снова закрутило гайки. Тем не менее 9 октября группа антиперонистски настроенных военных арестовала Перона.

В течение следующих 8 дней – с 9 по 17 октября – страна оставалась без правительства. Оппозиционные партии отказывались войти в правительство до тех пор, пока на посту президента находится Фаррель. Тем временем сторонники Перона из числа рабочих и «дескамисадос» (безрубашечников) практически захватили Буэнос-Айрес. 17 октября Перон вернулся к власти.

В течение последующих четырех месяцев была развернута кампания по выборам президента. Перон организовал три новых организации для поддержки его кандидатуры: Партию труда, членами которой были большинство руководителей наиболее важных профсоюзов страны, диссидентскую Радикальную партию, во главе с второстепенными деятелями Гражданского радикального союза, и Независимую партию. Оппозиционные партии – Радикальная, Социалистическая, Прогрессивно-демократическая и Коммунистическая – объединились в Национально-демократический союз, пользовавшийся поддержкой национал-демократов. Их кандидатом был политик традиционно радикалистского толка Хосе П.Тамборини. На выборах, проводившихся с соблюдением всех норм, победил Перон, получивший 54% голосов. Его сторонники получили почти две трети мест в палате депутатов и все места, кроме двух, – в сенате.