После смерти Мурада III осталось 20 его сыновей. Из них на трон взошел Мехмед III, удавивший 19 своих братьев. Наследовавший ему в 1603 сын Ахмед I попытался реформировать систему власти и избавиться от коррупции. Он отошел от жестокой традиции и не стал убивать своего брата Мустафу. И хотя это, конечно, было проявлением гуманизма, но с того времени все братья султанов и их ближайшие родственники из династии Османов стали содержаться в заточении в специальной части дворца, где они проводили свою жизнь вплоть до смерти правившего монарха. Тогда старший из них провозглашался его преемником. Таким образом, после Ахмеда I мало кто из царствовавших в 17–18 вв. султанов имел достаточный уровень интеллектуального развития или политического опыта, чтобы управлять такой громадной империей. В результате единство государства и сама центральная власть стали быстро ослабевать.

Мустафа I, брат Ахмеда I, был душевнобольным и правил всего один год. Новым султаном в 1618 провозгласили Османа II, сына Ахмеда I. Будучи просвещенным монархом, Осман II попытался полностью преобразовать государственные структуры, но был убит своими противниками в 1622. На некоторое время трон вновь достался Мустафе I, но уже в 1623 на престол взошел брат Османа Мурад IV, руководивший страной вплоть до 1640. Его царствование носило динамичный характер и напоминало правление Селима I. Достигнув совершеннолетия в 1623, Мурад провел следующие восемь лет в неустанных попытках восстановить и реформировать Османскую империю. Стремясь оздоровить государственные структуры, он подверг казни 10 тыс. чиновников. Мурад лично встал во главе своих армий во время восточных походов, запретил потребление кофе, табака и алкогольных напитков, но сам проявлял слабость к алкоголю, что и привело молодого властителя к смерти в возрасте всего 28 лет.

Преемник Мурада, его душевнобольной брат Ибрахим, успел в значительной мере развалить доставшееся ему государство, прежде чем был низложен в 1648. На трон заговорщики посадили шестилетнего сына Ибрахима Мехмеда IV и фактически руководили страной до 1656, когда мать султана добилась назначения великим визирем с неограниченными полномочиями талантливого Мех меда Кёпрюлю. Он находился на этой должности до 1661, когда визирем стал его сын Фазыл Ахмед Кёпрюлю.

Османской империи все же удалось преодолеть период хаоса, лихоимства и кризиса государственной власти. Европа была расколота религиозными войнами и Тридцатилетней войной, а Польша и Россия переживали смутный период. Это дало возможность обоим Кёпрюлю после чистки администрации, во время которой были казнены 30 тыс. чиновников, захватить в 1669 о.Крит, а в 1676 Подолье и другие области Украины. После смерти Ахмеда Кёпрюлю его место занял бездарный и продажный дворцовый фаворит. В 1683 османы осадили Вену, но были разбиты поляками и их союзниками во главе с Яном Собеским.