Естественные ландшафты Израиля претерпели значительные изменения под влиянием рубок лесов и интенсивного выпаса скота. Лишь в немногих, в основном горных и пустынных, районах сохранилась естественная растительность. Выделяют Средиземноморский и Ирано-Туранский флористические районы.

Средиземноморский район охватывает территорию от северной границы Израиля до Газы и от западного морского побережья до долины р.Иордан. Лесные участки встречаются в Галилее, Самарии, на Иудейских холмах и в горах Кармель. В составе растительности преобладает сосна алепская, а в дубравах на западных склонах Нижней Галилеи – таворский дуб, стиракс лекарственный, встречается также калипринский дуб. В рощах Верхней Галилеи и гор Кармель растет европейская маслина. В маквисе (непроходимых зарослях колючих вечнозеленых кустарников) Галилеи и гор Кармель выделяются заросли калипринского дуба, иногда встречается галловый дуб вместе с боярышником, фисташкой палестинской, атлантической и мастиковой и рожковым деревом. Там, где выпадает больше осадков, например в Верхней Галилее, растут дубы, благородный лавр, земляничное и иудино дерево, восточный платан и сирийский клен. В прибрежной полосе встречаются таворский дуб и сикомор (библейская смоковница).

На сухих средиземноморских склонах гор, где маквис испытал сильное антропогенное воздействие, на его месте распространена гарига – заросли вечнозеленых низкорослых кустарников, полукустарников и многолетних трав (среди последних доминируют шалфей, ладанник, метельник). Там, где сведена естественная растительность гариги, она сменяется ландшафтами фриганы (разреженными сообществами, образованными сухостойкими, обычно колючими полукустарничками и подушечными растениями). Наиболее часто встречающиеся растения – потериум, тимьян, фумана.

Ирано-Туранский флористический район занимает узкую полосу от Тивердиадского озера до Мертвого моря, а также северный и центральный Негев. Там распространены сухие степи, покрывающиеся зеленью лишь во влажный осенне-зимний сезон, когда ярко цветут однолетники. Преобладают полынь и ноэа. В низовьях Иордана в изобилии растут кусты унаби.

В оазисах в условиях неглубокого залегания грунтовых вод распространены финиковая пальма и дум-пальма, унаби и другие влаголюбивые древесные растения.

В лесопосадках доминируют алепская сосна, акация и австралийские эвкалипты. Для озеленения городов используются кипарисы, казуарина, фикус, тамариск, олеандр, фисташка.