В ходе подготовки к предстоявшим в том же году президентским выборам соперником Осменьи стал более молодой претендент Мануэль Рохас, создавший Либеральную партию. Победив на выборах в апреле 1946, Рохас стал первым президентом независимой Республики Филиппины.

В качестве условия получения компенсации за причиненные войной разрушения Филиппины согласились внести в свою конституцию изменения, предоставлявшие американским инвесторам равные права с филиппинскими. Хотя на основные виды филиппинского экспорта в США были установлены квоты, ограничения не коснулись американских товаров, поставлявшихся на Филиппины. Национальная денежная единица песо зависела от курса доллара, а система таможенных тарифов привязывала филиппинскую экономику к американской. США получили в аренду на 99 лет (позднее этот срок был сокращен) земли для размещения крупных военных баз.

Между тем, пользуясь поддержкой правительства, землевладельцы попытались восстановить свои позиции в деревне, сильно пострадавшей от оккупации. В результате в сельской местности разгорелись настоящие бои между государственной полицией и частными армиями латифундистов, с одной стороны, и коммунистической партизанской группировкой Хукбалахап – с другой стороны. В феврале 1948 президент Рохас амнистировал бывших коллаборационистов.

В апреле 1948 пост президента занял Эльпидио Кирино. Тем временем организованное движением Хукбалахап восстание набирало силу. Рамон Магсайсай, назначенный Кирино министром обороны, сумел восстановить боеспособность национальной армии и разгромить Хукабалахап. На президентских выборах 1953 Магсайсай взял верх над Кирино.

После гибели Магсайсая высший государственный пост занял вице-президент Карлос Полестико Гарсия, избранный президентом в ноябре 1957. В 1961, на следующих президентских выборах, Гарсия потерпел поражение от Диосдадо Макапагала, построившего свою предвыборную кампанию на лозунгах борьбы с коррупцией. Президент Макапагал отменил контроль за импортом, но не смог сохранить прежние темпы экономического роста. Принятый в 1963 закон об аграрной реформе не внес сколько-нибудь заметных изменений в жизнь деревни. На президентских выборах 1965 Макапагал проиграл Фердинанду Э.Маркосу, который в 1969 был переизбран на новый срок.

21 сентября 1972 президент Маркос ввел в стране чрезвычайное положение и приостановил деятельность парламента. Второй срок президентства Маркоса должен был закончиться в 1973, однако в изменившейся ситуации его пребывание у власти могло продолжаться неопределенно долго. На прошедших в 1973, 1975 и 1978 референдумах режим чрезвычайного положения был продлен. В 1978 состоялись выборы в конгресс, на которых три четверти мест завоевала вновь созданная Маркосом политическая партия Движение за новое общество («Килусан багонг липунан», КБЛ). В январе 1981 страна формально вернулась в конституционное поле. На проходивших в июне 1981 выборах, бойкотировавшихся большинством оппозиционных групп, Маркос вновь одержал победу.

С помощью чрезвычайных мер 1972–1981 удалось на десятилетие приглушить политические конфликты. Однако таким путем нельзя было предотвратить вооруженные выступления, ставшие на Филиппинах особенно частыми в 1970-е – начале 1980-х годов, в частности восстание моро (мусульман), живших на о.Минданао и соседних островах. Моро никогда не признавали власти центрального правительства, а соперничество за их земли между филиппинцами-христианами вызвало дополнительную вспышку возмущения. Переговоры с лидерами моро дважды завершались неудачей, и правительство сумело лишь локализовать восстание.

Более опасное вооруженное выступление было предпринято организацией Новая народная армия (ННА). Руководимая Коммунистической партией Филиппин, ННА к 1985 превратилась в регулярное воинское соединение численностью 20 тыс. человек, которое вело активные партизанские действия в 59 из 73 провинций страны.

Быстрый экономический рост Филиппин в 1970-е годы в значительной степени объяснялся получением крупных иностранных займов, существенная часть которых присваивалась и переводилась за границу Маркосом и его супругой, а также их родственниками и приближенными.

В августе 1983 в аэропорту Манилы был убит главный политический противник Маркоса – сенатор Бениньо Акино младший. Ответственность за совершенное преступление была позднее возложена на правительственные войска и персонально на начальника генерального штаба вооруженных сил Филиппин генерала Фабиана Вера. Это политическое убийство вызвало массовые демонстрации протеста в Маниле и активизировало деятельность политической оппозиции. Против режима Маркоса впервые открыто выступило руководство Римско-католической церкви. Во время регулярно повторявшихся забастовок и митингов выдвигались требования отставки Маркоса. На состоявшихся в 1984 выборах в конгресс оппозиционные партии увеличили число завоеванных депутатских мандатов.

В феврале 1985 виновные в смерти Акино генерал Вер и 24 других военнослужащих предстали перед специальным судом из преданных Маркосу людей и были полностью оправданы. К осени 1985 администрация Рональда Рейгана, неизменно оказывавшая Маркосу всестороннюю экономическую и политическую поддержку, подняла вопрос о необходимости политических реформ на Филиппинах.

В попытке укрепить свою власть Маркос назначил на февраль 1986 «внеочередные» президентские выборы, назвав в качестве кандидата на пост вице-президента одного из проамерикански настроенных политиков. Вопреки ожиданиям Маркоса оппозиция сумела договориться о выдвижении против него единого кандидата в президенты – Корасон Акино, вдовы убитого сенатора Акино. Вместе с ней на пост вице-президента баллотировался Сальвадор Лаурель, один из лидеров оппозиции.

За Акино проголосовало абсолютное большинство избирателей, однако по указанию Маркоса результаты голосования были подтасованы. Акино призвала филиппинцев к широкомасштабным акциям протеста. Когда против Маркоса выступила армия, диктатор бежал из страны сначала на о.Гуам, а затем на Гавайи, а Акино вступила в должность президента.

Акино освободила всех политических заключенных, сменила многих назначенных Маркосом чиновников, предприняла необходимые процессуальные действия в других странах для возвращения хотя бы части тех огромных государственных средств, которые были похищены Маркосом и его сообщниками, и, наконец, вступила в переговоры с Новой народной армией о прекращении огня. Акино сумела также добиться дополнительных кредитов от Международного валютного фонда, США и Японии, не говоря уже об отсрочке выплаты процентов некоторым иностранным банкам. В феврале 1987 на всенародном референдуме явным большинством голосов была одобрена предложенная Акино новая конституция, а на состоявшихся в мае того же года выборах в органы законодательной власти с подавляющим преимуществом победила коалиция ее сторонников.

Располагавшиеся на Филиппинах американские военные базы Кларк-Филд и Субик-Бей неизменно ассоциировались у населения с политикой чужеземного господства и колониализма, напоминая к тому же о годах репрессивного режима Маркоса. В сентябре 1991 позиция Акино была подкреплена решением сената, по которому сроки аренды военных баз не подлежали продлению. Правда, еще в июне 1991 база Кларк-Филд была выведена из строя вследствие извержения расположенного поблизости вулкана Пинатубо.

Отказываясь от участия в следующих президентских выборах, намеченных на май 1992, Акино призвала своих избирателей голосовать за Фиделя В.Рамоса. Начальник филиппинской полиции Рамос в феврале 1986 в период действия закона о чрезвычайном положении, оказался во главе вооруженного восстания против режима Маркоса. В борьбе с шестью другими кандидатами на пост главы государства Рамос набрал набрал самое большое число голосов – 23,5% и был объявлен победителем.

В основе проводившейся Рамосом экономической политики лежал курс на приватизацию и снятие ограничений с деятельности местных и иностранных предпринимателей. В 1994 рост ВВП составил 4,3%, а в 1995 – более 5%. В течение этих двух лет в государственном бюджете страны наблюдалось превышение доходов над расходами, что отчасти объяснялось распродажей государственной собственности. Кроме того, резко увеличились вложения капитала в особые экономические зоны, например в районе бывшей американской военно-морской базы Субик-Бей. Менее благополучной была ситуация в сельском хозяйстве, пострадавшем от ряда стихийных бедствий. Следствием этого стал кризис 1995 со снабжением рисом, который привел к инфляции и послужил причиной многочисленных демонстраций протеста.

При вступлении в должность президента Рамос не пользовался поддержкой большинства членов конгресса, однако переход на его сторону ряда представителей оппозиции, а также успех на промежуточных выборах в мае 1995 коалиции проправительственных партий значительно укрепили его положение.