В ноябре 1979 радикально настроенные иранские студенты, называвшие себя «последователями политики имама», захватили посольство США в Тегеране и объявили его сотрудников заложниками. Целью экстремистов было возвращение шаха в Иран для предания его суду. В ответ был приостановлен импорт иранской нефти и заморожены иранские счета в американских банках. Временное правительство ушло в отставку, а Базаргана на посту премьер-министра сменил Мохаммед Али Раджаи. Инцидент с заложниками имел продолжение и после смерти шаха. К сентябрю 1980 при посредничестве Алжира было разработано соглашение, по которому американцы освобождались в обмен на размораживание иранских авуаров. Однако, несмотря на усилия президента Ирана Абольхасана Банисадра (которого впоследствии объявили изменником), выполнение соглашения блокировали сторонники жесткой линии, которые добивались поражения Дж.Картера на президентских выборах в США в ноябре. Заложники были освобождены во время инаугурации Рональда Рейгана 20 января 1981.

Абольхасан Банисадр находился на посту президента страны с января 1980. На выборах в меджлис, проводившихся в два тура в марте и мае, победу одержала Исламская республиканская партия (ИРП) Хомейни и ее союзники. Вскоре развернулась жестокая борьба между Банисадром и ИРП. Наиболее серьезный вызов был брошен Организацией моджахедов иранского народа (Моджахедин-е Халк) – шиитской организацией, отвергавшей клерикальную форму правления. В июне 1981 моджахеды подняли восстание, которое было подавлено лишь спустя полтора года. На следующий день после выступления моджахедов меджлис объявил импичмент Банисадру, который был смещен по указанию Хомейни. В июле были проведены новые президентские выборы, на которых победил премьер-министр Раджаи, а его место занял Мохаммед Джавар Бахонар. В конце августа Раджаи и Бахонар были убиты в результате взрыва бомбы, ответственность за который правительство возложило на моджахедов. В октябре официальным главой государства стал известный шиитский священнослужитель Сейед Али Хаменеи. Премьер-министром был назначен Мир Хосейн Мусави. В апреле и мае 1984 состоялись выборы в меджлис, которые выиграла ИРП. В августе 1985 Хаменеи был переизбран на пост президента.

В качестве основной задачи правительство объявило исламизацию общества и избавление от влияния Запада. Тысячи иранцев, получивших светское воспитание, эмигрировали в Турцию, Европу и Северную Америку. Термин «антиисламский» получил широкую трактовку – под ним понимался не только образ жизни, противоречащий официальным догматам ислама, но также критика и высмеивание религиозных взглядов и духовенства.

В 1980 Ирак вторгся в юго-западный Иран, в частности для того, чтобы предупредить выступления иракских шиитов против собственного правительства и укрепить влияние в зоне Персидского залива. Война продолжалась в течение 8 лет, не принеся победы ни одной из сторон. Общие потери от разрушений превысили 300 млрд. долл.; особенно сильным ударам подвергались объекты нефтяной промышленности на юге страны. Во время войны Иран вынужден был разместить 1,5 млн. переселенцев из районов боевых действий. Кроме того, в эти же годы в стране нашли приют 2,3 млн. беженцев из Афганистана, а также ок. 500 тыс. курдов и персов из Ирака.

После того как Иран согласился в 1988 на прекращение огня, под эгидой ООН были предприняты усилия по восстановлению контактов со странами Персидского залива, прежде всего с Кувейтом и Саудовской Аравией.

В конце 1980-х годов в политическом руководстве Ирана возникла трещина между реформаторами, желавшими восстановить контакты с Западом, и консерваторами, выступавшими против проведения такой политики. В результате ИПР стала быстро терять свою эффективность как орудие политической борьбы и в 1987 была распущена. На выборах в меджлис, проведенных в апреле и мае 1988, реформаторы получили большинство. Правительство стало отходить от исламского радикализма внутри страны и от агрессивного курса в международных делах.

Хомейни скончался 3 июня 1989. После внесения поправок в конституцию его преемником на посту факиха Совет экспертов избрал Хаменеи. В связи с этим в июле были проведены новые президентские выборы. Одновременно состоялся референдум по поправкам к конституции, наиболее важной из которых была отмена поста премьер-министра. Президентом был избран спикер меджлиса Али Акбар Хашеми-Рафсанджани, а предложенные поправки к конституции были одобрены населением. Рафсанджани сформировал совет министров, который представлял собой коалицию из реформаторов, консерваторов и технократов. Утверждение правительства меджлисом было воспринято как предоставление президенту мандата на проведение более мягкой политики в отношении Запада.

Рафсанджани обещал за 10 лет восстановить разрушенное хозяйство, устранить недостатки в управлении экономикой и приватизировать крупные отрасли промышленности. В 1990–1991 произошли массовые выступления против повышения цен. Тем не менее на выборах в меджлис, проведенных в апреле и мае 1992, сторонники Рафсанджани получили более 70% голосов.

После агрессии против Кувейта в августе 1990 Ирак пошел на заключение мирного договора с Ираном, признав все его претензии, за чем последовало восстановление двусторонних дипломатических отношений. Иран осудил вторжение в Кувейт и соблюдал санкции ООН против Ирака, но в то же время высказался против развертывания многонациональных сил во главе с США в зоне Персидского залива и настаивал на выводе из региона всех войск западных стран. После освобождения Кувейта в начале 1991 вновь произошло осложнение отношений Ирана с Ираком. Вместе с тем Рафсанджани достиг успеха в поисках путей расширения контактов с Западом. В июне 1991 США возобновили импорт иранской нефти, но продолжили курс на ограничение продаж Ирану новой военной техники. Отношения с государствами Персидского залива оставались напряженными ввиду продолжавшегося спора из-за трех островов в заливе (Абу-Муса, Томбе-Бозорг и Томбе-Кучек).

Противникам Рафсанджани удалось расстроить планы правительства по проведению экономических, финансовых и административных реформ, в том числе касающихся приватизации. Осложнения на дипломатическом фронте и активное противодействие со стороны США стали препятствием на пути иностранных инвестиций, необходимых для восстановления экономики.

Во время второго президентского срока Рафсанджани (1993–1997) правительству пришлось иметь дело с теми же политическими и экономическими проблемами. Исламская государственная система стала подвергаться критике со стороны представителей не только светских, но и религиозных кругов.

Подобные настроения особенно распространились среди молодежи и женщин, что способствовало победе на президентских выборах в мае 1997 аятоллы Сейеда Мохаммеда Хатами – сторонника реформ и улучшения отношений с Западом.

Падение мировых цен на нефть в 1997–1998 усугубило экономические проблемы Ирана, включая проблему внешнего долга. В последние годы отношения между консервативными и реформаторскими силами в обществе достигли критической точки. Политическая власть принадлежит духовенству, которое преобладает в парламенте, контролирует судебные органы, финансовые институты, вооруженные силы.

Во внешней политике наметилось сближение Ирана с Россией, о чем свидетельствует визит в Российскую Федерацию президента Хатами в марте 2001.