Первым вопросом, по которому развернулась борьба уже в июле 1958, было присоединение Ирака к недавно созданной Египтом и Сирией Объединенной Арабской Республике (ОАР). За данный шаг выступали националисты и лидеры ПАСВ, верившие в арабское объединение. Против высказались коммунисты. Пытаясь дистанцироваться от коммунистов, Касем начал репрессии против левых. В феврале 1963 произошел военный переворот сторонников националистов и ПАСВ. Касем был убит, а захватившая власть хунта, состоявшая из баасистов и арабских националистов, во главе которых стоял Абдель Салям Ареф, организовала террор против своих коммунистов. Ареф формально признал независимость Кувейта, но не его границы, установленные Великобританией, выдвинув притязания на о.Бубиян и о.Эль-Варба, которые препятствуют выходу Ирака в Персидский залив, а также на южную окраину гигантского иракского месторождения нефти Эр-Румайла.

Ареф был президентом в течение трех лет и погиб в катастрофе вертолета в апреле 1966. Пост президента занял брат покойного Абдель Рахман Ареф, находившийся у власти в течение двух лет. В июле 1968 он был свергнут в результате военного переворота, организованного ПАСВ. В период правления братьев Арефов многие ключевые отрасли экономики (но не нефтяная промышленность) подверглись национализации, что привело к падению производства.

Главной задачей лидеров ПАСВ, пришедших к власти в 1968, была консолидация политической системы страны. В период президентства Ахмеда Хасана аль-Бакра и его преемника Саддама Хусейна, который занял пост президента в 1979, но фактически получил власть много раньше, режим жестоко преследовал потенциальных противников и использовал всю экономическую мощь государства для поддержки своих сторонников.

Сначала баасисты попытались положить конец восстанию курдов, заключив в марте 1970 мирное соглашение с их руководителями, в соответствии с которым курдам обещали признание их прав и автономию. Однако существенная часть договоренностей не была выполнена, и к 1974 мулла Мустафа Барзани, лидер Курдской демократической партии, стремившийся к более широкой автономии для курдов, вновь поднял полномасштабное восстание, пользуясь поддержкой шаха Ирана.

В 1972, опираясь на заключенный с Советским Союзом Договор о дружбе и сотрудничестве, баасистское правительство национализировало компанию «Ирак петролеум», что заставило иракских коммунистов объединиться с ПАСВ в рамках Прогрессивного национально-патриотического фронта, в который также вошло курдское движение Революционная партия Курдистана. После того как члены Организации стран – экспортеров нефти подняли цены на нефть, положение правящего режима и его экономическая мощь упрочились. Рост доходов от экспорта нефти позволил правительству финансировать крупные проекты развития. К 1976 правящий режим настолько укрепился, что возобновил преследования коммунистов. В течение следующего десятилетия тысячи противников ПАСВ были вынуждены эмигрировать из страны.

В 1975 баасисты в результате переговоров в Алжире заключили с шахом Ирана Договор о границах и добрососедских отношениях, по которому граница между обеими странами по р.Шатт-эль-Араб была передвинута с восточного берега на середину реки. В ответ Иран закрыл свою границу для курдских повстанцев, что позволило Багдаду подавить их сопротивление. Осенью 1978 Ирак сделал очередной подарок иранскому шаху, выслав из Эн-Наджафа его главного противника аятоллу Рухоллу Хомейни, который проживал в этом городе в изгнании в течение 15 лет.

В начале 1979, после победы революции в Иране и свержения монарха, выступления курдов в Ираке возобновились, и основа Алжирских соглашений была уничтожена. Кроме того, популистский шиитский режим в Иране во главе с Хомейни организовал наступление на баасистский режим в Ираке с помощью его шиитских противников. В ответ Саддам Хусейн возобновил старый спор об ирако-иранской границе по р.Шатт-эль-Араб и о статусе иранского Хузестана (называемого в Ираке Арабистаном). Иракский президент использовал частые пограничные инциденты, имевшие место после революции, в качестве предлога для вторжения в Иран 22 сентября 1980.

В начале войны Ирак смог добиться определенных успехов, но армия противника оказалась более боеспособной, чем предполагалось. Весной 1982 иранские войска начали наступление и изгнали иракские вооруженные подразделения со своей территории, а после последовавшего продолжительного периода позиционных действий захватили в 1986 город Фао и приблизились к Басре на расстояние 65 км. Одновременно курдские повстанцы под командованием сына Барзани Масуда осуществили перегруппировку своих боевых подразделений и установили контроль над большей частью пограничных горных районов на севере и северо-востоке страны. В 1987 Соединенные Штаты, ранее продававшие оружие Ирану, направили в Персидский залив свои военно-морские силы для предотвращения блокады Ираном судоходных трасс, ведущих в Кувейт, который служил перевалочным пунктом для поставок военной техники Ираку и отчасти для экспорта его нефти. В том же году иракской армии удалось вытеснить иранские войска из Ирака, а также приступить к проведению боевых операций в Курдистане. В августе 1988 было заключено ирано–иракское соглашение о прекращении огня.

После окончания войны США запретили экспорт в Ирак оборудования, которое могло использоваться в военных целях, а Израиль выступил с угрозами нападения на иракские заводы по производству химического и ядерного оружия. Послевоенное восстановление хозяйства было затруднено из-за резкого падения цен на нефть, вызванного экономической политикой Кувейта и Объединенных Арабских Эмиратов, которые продавали более 270 тыс. т топлива в сутки (в основном добываемой в кувейтском секторе месторождения Эр-Румайла) сверх квоты, установленной Организацией стран – экспортеров нефти. После закончившихся неудачей переговоров с Кувейтом Саддам Хусейн решил ответить на «экономическую агрессию» собственной военной акцией.

2 августа 1990 иракская армия вторглась в Кувейт. Вторжение в Кувейт было осуждено Советом безопасности ООН, который установил эмбарго на торговлю с Ираком. В феврале 1991 вооруженные силы США при поддержке многонациональных сил изгнали иракскую армию из Кувейта. Продолжавшиеся в течение месяца бомбардировки уничтожили всю экономическую инфраструктуру Ирака. США объявили, что не допустят ослабления санкций ООН до тех пор, пока Саддам Хусейн остается у власти. Осенью 1991 Ираку было разрешено продать ограниченное количество нефти при условии, что все сделки будут проводиться под контролем представителей ООН. Вырученные средства, после уплаты репараций, предлагалось направить на экстренную закупку продовольствия и медикаментов. Иракское правительство отказалось принять эти предложения. Но к маю 1996 медико-санитарное состояние и экономическое положение страны ухудшились. Саддам Хусейн был вынужден согласиться на большинство условий ООН, включая ассигнование 1/3 доходов Ирака от разрешенного экспорта нефти на выплату компенсаций жертвам войны в Персидском заливе, а также выделение до 150 млн. долл. на пособия курдским беженцам.

Вскоре правительство Ирака вновь подверглось международному осуждению из-за своих жестоких действий против курдов. По призыву лидера одной из курдских организаций, пытавшегося таким образом взять вверх над враждующей группировкой, поддерживаемой Ираном, Хусейн ввел в курдский анклав, находящийся под защитой США, 40-тысячную армию. В ответ президент США Клинтон приказал американским военно-воздушным силам атаковать иракские боевые и командные объекты на юге страны. После этого Багдад в течение двух дней отозвал основную часть своих войск с указанной территории. Десятки тысяч курдов, опасаясь, что вооруженные столкновения были лишь прелюдией к еще более жесткой конфронтации с Саддамом Хусейном, бежали на восток, в Иран, и на запад, в Турцию, где были созданы лагеря беженцев.