Основные демократические нормы были закреплены конституцией 1992 и положением о выборах 1990, однако их осуществлению на практике препятствовали глубоко укоренившиеся антидемократические настроения, унаследованные от стресснеровского режима и особенно широко распространенные среди военных и в партии «Колорадо». Более того, правительственный аппарат находился под сильным влиянием этой партии, так как большинство государственных служащих, включая судей, полицейских офицеров, администраторов различного ранга и учителей, сохранили положение, которое занимали до переворота.

Это наследие эпохи авторитарного правления проявилось во время выборов 1993, в результате которых пост президента занял гражданский инженер Хуан Карлос Васмоси. Хотя эти выборы стали самыми свободными за всю историю Парагвая, ситуация изначально оказалась более благоприятной для Васмоси, который пользовался открытой поддержкой со стороны Родригеса и военных. Существуют весомые свидетельства того, что результаты первичных выборов, которые вывели Васмоси в число кандидатов на президентский пост, были подтасованы. Оппозиционным партиям, напротив, чинились всевозможные препятствия, часто с нарушениями законов, причем активную роль в этом играл один из высших армейских чинов, генерал Лино Сесар Овьедо, выступавший в поддержку партии «Колорадо». За несколько дней до выборов Овьедо заявил, что армия намерена и в дальнейшем «участвовать в руководстве страной» вместе с партией «Колорадо». Тем не менее две оппозиционные партии, объединившись, обеспечили себе большинство мест в Конгрессе, что значительно улучшило их возможности отстаивать свои позиции в процессе демократических реформ.

После 1993 в Парагвае были проведены преобразования, которые позволяют надеяться на успешное завершение процесса демократизации. В результате серии переговоров в 1994–1996, партия «Колорадо» и оппозиционные партии пришли к соглашению о коренном пересмотре судебных структур и системы организации и проведения выборов. Состоявшиеся в 1996 муниципальные выборы, по общему мнению, были свободными и честными. Увольнение из армии генерала Овьедо после предпринятой им в апреле 1996 попытки военного переворота привело к ряду структурных изменений в руководстве парагвайских вооруженных сил и усилению контроля над армией со стороны гражданской администрации.

Выборы 1998 принесли победу Раулю Кубасу Грау, который баллотировался от коалиции НРА – партия «Колорадо» и получил 55% голосов. Эта же коалиция победила и на выборах в Конгресс, завоевав 54% мест в палате депутатов и 57% – в сенате.

Однако уже в начале 1999 в стране назрел новый политический кризис. Общее негодование вызвало распоряжение президента об освобождении из тюрьмы генерала Овьедо, приговоренного к 10-летнему заключению за попытку насильственного свержения в 1996 президента Васмоси. Профсоюзы объявили всеобщую забастовку, а сенат начал подготовку процедуры импичмента. Кубас предпочел уйти в отставку, и в марте 1999 верховная власть перешла, в соответствии с конституцией, к председателю сената Луису Гонсалесу Макчи (поскольку вице-президент Арганья незадолго до этого пал жертвой политического убийства). Экс-президент Кубас вылетел в Бразилию, где с 1989 живет и бывший парагвайский диктатор Стресснер.