Османская империя, одержав крупную победу над сербами в битве на Косовом поле в 1389, направила войска против Албании в 1394 и 1397, а в ходе кампаний 1415 и 1423 завоевала ее центральные и южные районы. Из-за непосредственной близости Венеции и Неаполя, а также считаясь с остатками сербского и греческого могущества, турки вначале вели себя осторожно.

Усиление турецкого господства и особенно подготовка к распределению земель явились причиной восстания феодальных правителей и горных племен в 1433, подавленного в 1434. Однако вскоре вспыхнуло еще более мощное восстание во главе с Георгием Кастриоти (1403–1468), которого в Турции прозвали Искендер-беем, более известным как Скандербег. Сын феодального властителя, Скандербег принял мусульманство и стал видным турецким чиновником. Когда у его семьи отняли родовое поместье в Круе, Скандербег отрекся от мусульманства и поднял восстание. Заключив в 1444 союз с Венецией и вождями разных племен и располагая небольшим кавалерийским отрядом, базировавшимся в Круе, он развернул партизанскую войну в северной Албании. Скандербег умер в 1468, но под руководством его сына и при поддержке венецианцев сопротивление туркам не прекращалось, пока турецкая армия не захватила в 1478 Крую, а в 1479 – Шкодер. Постепенно турки завоевали все остальные районы Албании; в 1571 пали последние оплоты венецианцев Бар и Улцинь.

Во время турецкого владычества северная Албания с ее непроходимыми горами, близостью к иностранным государствам и воинственными племенами гегов сохраняла полунезависимый режим. Геги не допускали в свои деревни турецких чиновников и сборщиков налогов. В каждом племени внутриклановые отношения регулировались на собраниях и передаваемых по наследству советах старейшин при байрактаре (хранителе знамени). Во время войн геги отбывали службу в качестве солдат нерегулярной армии и в 18 – начале 19 в. составляли весьма существенную часть армии османов. Однако они воевали только под руководством своих племенных вождей и в основном ради добычи (главным образом скота), что было важным подспорьем для их бедных хозяйств в горах. Турки имели большее влияние в центре и на юге страны, где взимали умеренные налоги и разрешали христианским властителям пользоваться своими землями в обмен на службу в кавалерии. С переходом в мусульманство для честолюбивых и способных людей открывался путь к власти.

С начала 17 в. повышение налогов османскими властями и рост поборов в пользу местных феодалов вызвали волнения среди албанских крестьян. В 1645 и 1649 турецкие правители подавили заговоры и бунты, организованные католическими лидерами в прибрежных городах во время войны с Венецией. Различные северные племена сотрудничали с австрийскими и венецианскими войсками во время нескольких войн, происходивших между 1683 и 1739. Поэтому турки усилили давление на албанских католиков, заставляя их принять мусульманство.

В 18 в. происходило ослабление Османской империи. Некоторые члены североалбанских племен организовали кампании по вербовке наемных солдат. Тысячи сербов после 1690 покинули Косовскую равнину, отчасти опасаясь репрессий со стороны турок. В это время приобрели большое влияние некоторые семьи землевладельцев, взимавшие налоги с крестьян. Шкодерские паши Бушати правили на севере и в центре страны, а во время наполеоновских войн и в последующий период Али-паша Тепелена (1744–1822) основал полунезависимое государство в южной Албании, Эпире и западной Македонии. Султан Махмуд II, одержимый реформаторскими идеями и стремившийся централизовать и укрепить Османское государство, разгромил в 1820–1822 войска Али-паши, а в 1831 пашей Бушати. В 1830-х годах менее видные представители албанской знати выступили против турок, но реорганизованная османская армия подвергла их замки обстрелу из артиллерийских орудий и заставила подчиниться. Реформы 1826–1856, закрепившие регулярную выплату налогов, призыв на военную службу в мирное время и назначение чиновников неалбанского происхождения, встретили сильное противодействие и оказались эффективными только в южной Албании. Сопротивление переросло в национальное движение, усилившееся после 1878.