Офицеры заняли руководящие посты во всех сферах государственного аппарата. Сухарто назначал военных министрами, судьями Верховного суда, губернаторами провинций, главами администраций округов и даже деревенскими старостами. Около 20% депутатских мест в парламенте, провинциальных и окружных законодательных собраниях выделялись военным, и в тех районах, где проправительственная партия Голкар была не в состоянии завоевать большинство, наличие депутатов от офицерского корпуса неизменно укрепляло ее позиции.

Сухарто стремился придать своему режиму демократический облик. С этой целью была основана политическая организация Голкар (Голонган карья), которая объединяла государственных служащих, офицеров и в меньшей степени студентов, крестьян, женщин и т.д. в т.н. функциональные группы. Сухарто разрешил и политические организации, которые не пользовались поддержкой властей, но после выборов 1971 вынудил девять партий слиться в две. Мелкие националистические и христианские партии создали Демократическую партию Индонезии, а вместо четырех мусульманских партий возникла новая Партия единства и развития.

При Сухарто выборы в центральные и местные органы власти проводились в 1971, 1977, 1982, 1987, 1992 и 1997. В каждом случае избирательная кампания была непродолжительной. Более того, руководство страны решало, какие кандидатуры достойны выдвижения в депутаты, и определяло сам характер кампании. Голкар неизменно одерживала убедительную победу, собирая от 62 до 74% голосов. Партия единства и развития, опираясь на мусульман и составляя главную оппозиционную силу, однажды получила четверть голосов избирателей, а Демократическая партия Индонезии максимальное число голосов (15%) собрала в 1992.

В Совет народных представителей (однопалатный парламент) 400 депутатов (425 в 1997) избирались по партийным спискам, а еще 100 (75 в 1997) – делегировали военные круга. Эти избранные 500 человек, вместе с другими 500, назначенными президентом, составляли Народный консультативный конгресс (высший законодательный орган). Конституция, предусмотрев создание обоих органов, не детализировала механизм их образования и не содержала указаний на их численный состав. При Сухарто Совет собирался на свои заседания регулярно в течение года для обсуждения законов, предлагаемых исполнительной властью. Конгресс же проводил сессию один раз в пять лет, чтобы избрать президента (каждый раз им становился Сухарто) и вице-президента и одобрить «Основные направления государственной политики».

Избиратели принимали участие в выборах каждого из двух уровней Советов на местах. Эти органы были еще слабее, чем законодательная власть в целом. Хотя Сухарто позволял Советам выдвигать и выбирать губернаторов провинций и глав администраций округов, он оставил за собой право прямого назначения на эти посты, игнорируя решения указанных Советов. Министерство внутренних дел контролировало из столицы деятельность исполнительных и законодательных органов в провинции, диктовало им линию поведения и даже предписывало, какие законы и распоряжения им следует принять.

Сразу после отставки Сухарто все устои созданной им политической системы были подвергнуты критике. Реформаторы требуют устранить военных из законодательных инстанций и расширить состав Совета народных представителей за счет Народного консультативного конгресса с тем, чтобы сделать косвенные выборы президента более демократичными. Высокопоставленные чиновники на местах, включая даже назначенных лично Сухарто, высказываются в пользу увеличения их самостоятельности при решении политических и экономических вопросов.