Несмотря на заключенное в 1990 соглашением с новым правительством о разоружении, некоторые лидеры контрас отказались признать это соглашение после того, как Чаморро оставила на посту главнокомандующего сандиниста Ортегу. Они утверждали, что не могут быть уверены в своей безопасности, если армия и полиция остаются под контролем сандинистов. К апрелю 1991 около тысячи бывших конрреволюционеров создали отряды «новых контрас» и потребовали, чтобы правительство расследовало факты убийств бывших контрас военными. В ответ на это ветераны СФНО также вооружились, и некоторое время существовала серьезная угроза вооруженных столкновений между этими двумя силами в сельских районах. В 1992 правительству удалось разрядить обстановку, предложив обеим группам денежную компенсацию за сдачу оружия и пообещав обеспечить их землей и построить дома.

Выполнение обещаний, данных правительством сандинистской оппозиции, вскоре оказалось под вопросом в связи с необходимостью выполнения требований Международного валютного фонда, к которому администрация Чаморро обратилась с просьбой о предоставлении кредитов. Попытки уменьшить занятость в государственном секторе и приватизировать государственную собственность в 1990 вызвали мощную волну забастовок, практически парализовавших экономику. Хотя инфляцию удалось снизить благодаря развитию свободного рынка и возобновлению американской помощи, к 1993 количество безработных или занятых неполный рабочий день составляло, согласно оценкам, 71% трудоспособного населения. В результате проведенной в соответствии с требованиями МВФ реструктуризации экономики в Национальной ассамблее усилилась оппозиция правительству, которое лишилось поддержки бывших союзников. В 1992 высшее католическое духовенство, которое ранее выступало против политики сандинистов, начало публично критиковать меры жесткой экономии, принимавшиеся правительством Чаморро, видя в них причину растущей бедности страны.

В то время как правительство Чаморро оказалось в изоляции, в сандинистской оппозиции к середине 1990-х годов наметился глубокий раскол. В переходный период после выборов 1990 некоторые представители сандинистской администрации присвоили государственную собственность, включая дома, автомобили, поместья, предприятия и валютные резервы, стоимость которых оценивалась приблизительно в 300 млн. долл. Таким образом, в среде сандинистов образовалась предпринимательская элита, что вызвало негодование большинства членов сандинистского движения из низших или средних слоев. Скандал привел также к разногласиям в правительстве между президентом Чаморро, которая согласилась с передачей собственности в рамках соглашения переходного периода с сандинистами, и ее бывшими союзниками по ОНС в Национальной ассамблее.

К 1992 наметился раскол между фракциями внутри СФНО, а именно между социал-демократами, которые предлагали, критикуя правительство, тем не менее поддерживать его в борьбе против сторонников Сомосы, и теми, кто ратовал за радикальную оппозицию новому правительству. В 1995 несколько лидеров СФНО вышли из его состава и организовали Движение сандинистского обновления (ДСО) – группу, в программе которой сохранялись общие цели сандинистов, но провозглашалась большая степень внутренней демократии. Среди участников ДСО насчитывается много активистов сандинистского движения, принимавших участие в восстании против Сомосы в 1970, в том числе бывший вице-президент Серхио Рамирес, Дора Мария Тельес, Луис Каррион, Мирна Каннингхем, Эрнесто и Фернандо Карденаль. Лидер СФНО Даниель Ортега попытался договориться с ДСО о совместном выступлении на президентских выборах, назначенных на октябрь 1996, однако руководство ДСО отклонило это предложение.

В самом правительстве разногласия между законодательной и исполнительной ветвями власти достигли такой степени, что буквально парализовали политическую жизнь в стране.

На выборах 1996 победу одержал Арнольдо Алеман Лакайо, передача власти была осуществлена мирным путем в соответствии с демократической процедурой.