Свою систему категорий Прабхакара строит из материалов вайшешики, добавляя к первым ее четырем категориям (субстанция, качество, движение и общее) четыре новых: «зависимость» (паратантрата), «потенциальность» (шакти), «сходство» (садришья) и «число» (санкхья). Последняя соответствует количеству, отсутствующему в вайшешике; предпоследняя – отношению; «потенциальность» – возможности «вызревания» результата обрядовых действий. Показательно, однако, что он не включает сюда небытие (абхава) – как и буддисты, он отвергает несуществование (которое категоризируется у Кумарилы). Хотя «сходство» у него категоризируется, оно в известном смысле замещает универсалии, которым Прабхакара, почти как и школа Дигнаги, отказывает в статусе реальных и отдельных от индивидов вещей. В эпистемологии Прабхакара известен прежде всего своей концепцией ошибочного познания. Классические примеры свернутой веревки, которую принимают в темноте за змею, или морской ракушки, принимаемой за серебро, истолковываются им как смешение восприятия с воспоминанием. Основной акцент здесь делается на утверждение безусловной истинности познания как такового, в чем Прабхакара решительно расходится с буддистами. Расходится он с ними и в трактовке самого восприятия, допуская, помимо внерефлективного отражения объекта, также рефлективную стадию, когда воспринимаемое идентифицируется («Это есть то»). Прабхакара отстаивал также тезис о том, что значение предложения не сводится к сумме значения составляющих его слов. Наконец, ему принадлежит трактовка ритуального действия, в сущности альтернативная той, которую отстаивал Шабарасвамин. Он считал, что мотивом исполнения предписания должны быть не «плоды» в настоящей или будущей жизни, но совершенно бескорыстная установка на совершение долга ради него самого, которая сопровождается особым «чувством долга», не находящим аналогий во всем спектре «эмпирических» эмоций индивида.

Учения Прабхакары разрабатывались Шаликанатха Мишрой (10 в.), составившем комментирий на его основное сочинение, а также Рамануджачарьей (не ведантист), Бхаванатхой и рядом других философов.