Поскольку страна не располагала необходимыми резервами конвертируемой валюты, малийский франк нельзя было использовать для международных платежей. К финансовым трудностям добавлялись проблемы, связанные с нерентабельностью государственных предприятий, на которые делал ставку Модибо Кейта, расширяя государственный сектор производства. Чтобы Мали мог вернуться в зону французского франка, в середине 1967 президент был вынужден пойти на предоставление Франции прав широкого контроля над экономикой страны. Эта политика встретила противодействие в рядах Суданского союза, и Кейте пришлось применить жесткие меры против диссидентов. В ноябре 1968 он был смещен в результате государственного переворота, осуществленного офицерами Военного комитета национального освобождения (ВКНО).

В сентябре 1969 один из руководителей ВКНО лейтенант Муса Траоре стал президентом и премьер-министром Мали. Новый военный режим внес изменения в экономическую политику страны, которая при Кейте ориентировалась на развитие государственного сектора. Только в 1976 Траоре разрешил создать Демократический союз малийского народа (ДСМН), который начал функционировать лишь три года спустя. Пребывание Траоре у власти было отмечено четырьмя попытками государственного переворота, многочисленными перетасовками кабинета министров и нарастающим размахом волнений среди студентов и безработных выпускников учебных заведений. Из-за сильных засух в 1970–1974, 1978 и начале 1980-х годов (в 1985 уровень воды в р.Нигер достиг самой низкой отметки за последние сто лет), низких цен на хлопок, а также из ряда вон плохого управления экономикой Мали вошел в число беднейших государств мира. Многие страны Запада оказали Мали помощь. В то же время постепенно сворачивались связи Мали с Китаем и СССР. В 1984 Мали был принят в члены Западноафриканского валютного союза, ориентированного на Францию. В 1988 были проведены альтернативные выборы в Национальное собрание по партийным спискам ДСМН.

В январе 1991 члены государственных профсоюзов выступили с требованиями о повышении заработной платы на 50%. Вслед за этой акцией последовали студенческие волнения в Бамако, где прошла двадцатитысячная демонстрация, участники которой призвали положить конец однопартийной системе. В марте 1991 по стране прокатилась новая волна антиправительственных выступлений, в ходе которых были убиты десятки людей, и во многих районах начались грабежи. В этой ситуации группа офицеров во главе с начальником штаба армии Мали подполковником Амаду Туре отстранила президента Траоре от власти. ДСМН была распущена, было сформировано правительство из военных и гражданских лиц во главе с гражданским премьер-министром. Швейцарские власти обнародовали факты о том, что за годы правления Траоре малийские руководители перевели на свои личные счета 1 млрд. долл.

Место бывшего правительства быстро занял комитет, сформированный для осуществления контроля за разработкой новой конституции и проведения демократических выборов. В начале 1992 состоялся референдум по новой конституции. В 1992 президентом Мали был избран бывший лидер партии Альянс за демократию в Мали (АДЕМА) Альфа Умар Конаре. В 1997 он был переизбран на новый срок.