Но оппозиция не собиралась сдаваться. Часть духовенства обратилась к пресвитерианству. Постепенно было создано хорошо организованное движение, целью которого было уничтожение епископата. Пуританское духовенство стремилось действовать, используя политические рычаги и влияя на своих сторонников в палате общин. В результате Елизавете пришлось вести борьбу с палатой общин, которая вплоть до последнего десятилетия ее правления симпатизировала почти исключительно пуританам. Парламентарии постоянно вступали в конфликт с королевой, и не только по вопросам, связанным с реформой англиканской церкви, но и по вопросам о необходимости брака, о престолонаследии, обращении с Марией Стюарт.