В военном отношении преимущество оставалось за королем. Роялисты, располагавшие лучшей конницей, более агрессивным командованием и решимостью сокрушить мятежников-круглоголовых, захватывали инициативу почти в каждой схватке. Их Северная армия под командой графа Ньюкасла сокрушила йоркширскую группировку Ферфакса и его сына Томаса при Эдвалтон-Муре (30 июня); в скором времени на стороне парламента здесь оставался один только Гулль. Западные роялисты победили армию Уильяма Уоллера при Лэнсдауне (5 июля) и завершили ее разгром восемь дней спустя при Раундвей-Даун. Вскоре принц Руперт, молодой племянник Карла, овладел Бристолем. Парламентская главная армия медлила при Ридинге, будучи слишком обессиленной вспыхнувшей эпидемией, чтобы противостоять этим ударам. Казалось, открыт путь для продвижения на Лондон с трех направлений – с севера, с юго-запада и от Оксфорда. Пытаясь упредить неминуемое поражение, в Вестминстере большая группа сторонников мира выступила за достижение договоренности с королем.

Однако прежде, чем нанести удар по столице, Карл решил овладеть Глостером. Тем самым Пим получил время на то, чтобы восстановить контроль над парламентом. На выручку Глостеру был послан Эссекс. Прежде чем Эссекс вернулся – не побежденный Рупертом при Ньюбери, – парламент призвал в союзники шотландцев. Принятый документ «Торжественная лига и Ковенант» (сентябрь 1643) объединил два королевства в клятве, которую обязан был принести всякий взрослый англичанин и шотландец: охранять «права и привилегии парламентов» и «личность и полномочия Его Величества короля», а также реформировать церковь Англии и Ирландии по образцу пресвитерианской церкви Шотландии.

Почти одновременно король заключил соглашение с Католической конфедерацией, которая управляла Ирландией. Но это не принесло ему военных преимуществ, которые можно было бы сопоставить с союзом парламента с Шотландией, и серьезно повредило его репутации.

В декабре 1643 умер Пим, и после этого широкое, тяготеющее к центру парламентское большинство начало распадаться. Обе палаты все в большей степени стали раскалываться на партию войны и партию мира.

В январе 1644 полководец-ветеран Александр Лесли, граф Левен, вступил в Англию во главе шотландской армии численностью 21 тыс. человек. Уоллер вырвал инициативу у королевских войск на юге, нанеся им поражение при Черитоне (29 марта), но основным театром военных действий вскоре стал север. Значительные успехи парламентариев в Чешире и Йоркшире позволили трем армиям – шотландцам, Северной армии лорда Ферфакса и армии Восточной ассоциации под командованием графа Манчестера – объединиться и осадить Йорк. Чтобы вызволить Ньюкасла, Руперт явился сюда со всеми войсками, которые смог собрать. 2 июля при Марстон-Муре состоялось решающее сражение, закончившееся победой парламентской армии.

Но возможность завершить войну уже в 1644 была упущена. Чтобы вынудить обескровленную южную армию короля принять сражение, Эссекс должен был соединиться с Уоллером. Вместо этого он двинулся со своей армией на юго-запад и, бросив пехоту в Корнуолле, пережил ее сдачу в плен. Манчестера вообще было трудно убедить сражаться, в ходе второго сражения при Ньюбери (27 октября) Карлу удалось уйти от сражения с силами, вдвое превышавшими его собственные. Что касается шотландцев, то их военный потенциал был подорван внутренними разногласиями. Джеймс Грэм, маркиз Монтроуз, поднял обитателей горной Шотландии на войну за короля. Ряд блестящих побед, одержанных им в этот год, начиная с битвы при Типпермуир 1 сентября, поверг равнинную Шотландию в шок и привел к отзыву многих лучших полков Левена.