Договор Эйзенхауэра – Ремона 1955 передавал Панаме собственность США вне зоны канала стоимостью в 24 млн. долларов, увеличивал ежегодную арендную плату до 1 млн. 930 тыс. долларов, обязывал США построить мост через канал (завершен в 1962) и наладить водоснабжение городов Колон и Панама, лишал ряда льгот североамериканских предпринимателей, ограничил дискриминацию панамцев, занятых в зоне канала, предоставил правительству Панамы право взимать налоги со своих граждан, работающих в зоне, и с иностранцев (кроме американцев), работающих вне зоны.

В 1959 в зоне канала произошли стычки панамцев с полицией США. После переговоров 1960 США согласились вывесить на границе зоны флаги двух государств – США и Панамы. По дальнейшим договоренностям 1962 США позволили проносить панамский флаг через зону и согласились продолжить дискуссии по другим вопросам, в том числе о равной оплате труда в зоне канала для американцев и панамцев. В январе 1964, после того как американские студенты отказались нести панамский флаг вместе со своим флагом, произошли новые беспорядки, которые привели к разрыву дипломатических отношений. Панама вновь потребовала пересмотреть условия договора 1903. В апреле 1964 дипломатические отношения были восстановлены.

В 1967 был разработан проект договора о суверенитете Панамы над зоной канала и создании объединенного управления каналом, но в 1970 Панама отвергла этот проект. Переговоры, возобновившиеся в 1971, привели к подписанию в 1977 двух соглашений, согласно которым 1 октября 1979 зона канала переходила под юрисдикцию Панамы, а к 2000 США обязались передать Панаме сам канал. Впрочем, североамериканцы оставили за собой право военного вмешательства при необходимости защиты канала и сохранения его нейтралитета. Согласно договоренностям, для эксплуатации канала создана комиссия Панамского канала. До 1990 во главе Комиссии стоял гражданин США, назначаемый президентом США, после 1990 и вплоть до передачи канала в декабре 1999 ее возглавлял гражданин Панамы, также назначавшийся президентом США.