Известность ему принесла Тайная вечеря (1863, Русский музей, Петербург), сильные эффекты светотени, композиции и колорита превратили здесь евангельский сюжет (в духе нарождавшегося символизма) из религиозного канона в драму человеческой души, жаждущей обновления. Проявил себя и как портретист (остродраматический портрет А.И.Герцена, поражающий своим «живым» взглядом, 1867, Третьяковская галерея). В картине Петр I допрашивает царевича Алексея Петровича в Петергофе (1871, там же) Ге выступил как реформатор исторического жанра, лишив драматический эпизод минувшего всякой официозности и придав ему психологическую остроту; тем самым он предвосхитил искания В.И.Сурикова и мастеров русского модерна.

С 1880-х годов Ге стал близким другом и последователем Л.Н.Толстого. Стремясь подчеркнуть «чисто человеческое» содержание евангельской проповеди, Ге переходит ко все более свободной манере письма, до предела обостряя цветосветовые контрасты. В картинах Что есть истина? (1890) – с Иисусом Христом перед Пилатом – конфликт, сведенный к чисто нравственному противостоянию двух персонажей, впечатляет экспрессией красок и светотени. Мощная «протомодернистская» выразительность крупного, мерцающего мазка характерна для Христа и Никодима (1880-е годы) и Голгофы (1893; все в Третьяковской галерее). Образы Распятия (1892–1894; местонахождение одного из вариантов неизвестно, другой хранится в музее Д'Орсе в Париже) оказались у Ге столь безысходно-мрачными, что вызвали резкую критику церкви; политические же и религиозные вольнодумцы вешали репродукции с картин Ге на стену в виде своего рода «антиикон».

Параллельно мастер писал замечательные, полные внутренней одухотворенности портреты, в том числе портрет Л.Н.Толстого за письменным столом (1884). В образе Н.И.Петрункевич на фоне окна, открытого в сад (1893; оба портрета в Третьяковской галерее), проступил дар Ге-пейзажиста (пейзаж вообще играет в целом ряде его произведений весьма важную эмоциональную роль). Умер Ге на хуторе Ивановском (Черниговская губерния) 1 (13) июня 1894.