В ранний петербургский период писал миниатюрные портреты, сработанные маслом, но подражающие миниатюре на эмали (В.В.Капнист, начало 1790-х годов, Русский музей, Петербург), а также малоформатных портретных образов (Торжковская крестьянка Христинья, ок. 1795, Третьяковская галерея). Характерный для этих произведений сентиментализм в полной мере проявился в знаменитом портрете Екатерины II (1794, там же), изображенной в домашнем платье на прогулке в царскосельском парке. В зрелой портретной манере Боровиковского воплощаются не столько неповторимо-конкретные черты, сколько общие свойства мечтательно-облагороженной натуры, благодаря чему персонажи, особенно женские (Н.И.Куракина, 1795, Русский музей; Е.Н.Арсеньева, 1796, там же; М.И.Лопухина, 1797, Третьяковская галерея), кажутся связанными фамильным родством. Нежный переливчатый колорит обретает парадный лоск в более официальных портретах ( Н.И.Куракин, 1801–1802, Третьяковская галерея); пышной риторикой и в то же время правдой характера привлекает портрет Павла I (1800, Русский музей), написанного в одеянии для коронации в полный рост.

Драматизм колорита и мизансцен, углубленный психологизм характеров – эти черты (проявившиеся, в частности, в портретах генерала Ф.А.Боровского (1799, там же) или неизвестной в тюрбане, которую принято считать писательницей Жерменой де Сталь (1812; оба портрета в Третьяковской галерее)) свидетельствуют о сближении с принципами романтического искусства. Усложняя свои композиции, Боровиковский на рубеже веков все чаще обращается к групповому портрету (Сестры А.Г.и В.Г.Гагарины, 1802, Третьяковская галерея; А.И.Безбородко с дочерьми, 1803, Русский музей).

В 1804–1811 написал ряд колористически-экспрессивных образов для Казанского собора. В последние годы жизни активно работал как педагог, устроив у себя дома частную школу (среди его учеников был А.Г.Венецианов).

Умер Боровиковский в Петербурге 6 (18) апреля 1825.