Первосвятительство Алексия II совпало со счастливой переменой во взаимоотношениях церкви и государства в России; прежняя непримиримая политика «штурма небес» отошла в прошлое, Русской православной церкви последовательно возвращались ее законные права. Еще до возведения на патриарший престол Алексий деятельно способствовал этим переменам (в особенности тогда, когда возглавлял и обновлял церковную жизнь Ленинградской епархии), в качестве же первосвятителя учредил новые отделы Московского патриархата, прежде всего отделы религиозного образования и катехизации, а также церковной благотворительности и социального служения. Благодаря этому (а также в силу активной роли Алексия и его сотрудников в разработке новых законоуложений, например, федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях», 1997) Русская православная церковь вновь заняла полноправное место в обществе. При Алексии II были открыты (иной раз вновь построены) и освящены тысячи храмов, в массе обителей возобновилась монашеская жизнь, в святцы вошло много новых святых, в том числе новомучеников и исповедников 20 в., ставших жертвами революционного террора и гонений.

Вместе с тем переходный период принес с собой много религиозных смут (расколы на Украине, в Молдавии и Эстонии, обострение православно-католических отношений, в том числе из-за проблем западно-украинского униатства (см. УНИЯ), беспрецедентная активизация деятельности различных сект и др.). На все нужно было реагировать – тем паче в атмосфере гласности – последовательно и четко. Твердость, даже воинственность в делах церковно-канонических и религиозно-нравственных (к примеру, в отношении к различным расколам, а также к «ересям») в сочетании с дипломатичностью (настойчивые призывы в миру и добротолюбию в дни гражданских распрей) – в этом характерном стиле современного церковного управления личность Алексия II выразилась рельефно и ярко.