Взгляды Яворского представлены в философском курсе Философское состязание, прочитанном в Киево-Могилянской академии в 1693–1694. Сформулированные здесь принципы отвечали общему направлению развития католической мысли в эпоху Контрреформации (так называемая «вторая схоластика»). В гораздо в большей степени, чем в классическом томизме, в лекциях Яворского признается «равноправие» материи и формы, последняя, в его трактовке, существует непосредственно в материи. В целом Яворский придерживался умеренного номинализма: «универсалии являются ничем или вторичным». Иерарх был сторонником концепции «двух истин» (богословской и философской). Уже после смерти Стефана Яворского был опубликован его основной труд Камень веры (1728). Сформулированные в этом сочинении принципы богословского образования оказали влияние на систему обучения в духовных школах России в 18 в. В общественно-политических воззрениях Яворский был верен идеалу абсолютной монархии, но монархии просвещенной, признающей и охраняющей права всех сословий.

Умер Стефан Яворский в Москве 27 ноября (8 декабря) 1722.