Наиболее значительный труд Никанора – Позитивная философия и сверхчувственное бытие (тт. 1–3, СПб, 1875–1888), в котором исследуются различные материалистические и позитивистские концепции (Дарвина, Милля, Спенсера, Льюиса, Э.Гартмана и мн. др.). Воззрения самого Никанора (учение о «сверхчувственном бытии») близки платонизму: обоснование реальности иерархически организованного мира идей, их более высокого «бытийственного» статуса по отношению к понятиям (за последними признается возможность «ограниченного отражения» предметов). Признавая, что основа мира имеет сверхъестественную природу, а материя в своих истоках граничит с Абсолютом, Никанор в то же время был склонен допускать возможность рационального (и даже «научного») познания этих «сверхчувственных» основ бытия. Эта позиция была воспринята достаточно критически как в богословских, так и в философских кругах. В частности, Вл.Соловьев упрекал Никанора в «неосновательном» смешении научного подхода с богословским и философским.

Умер архиепископ Никанор в Одессе 27 декабря 1890 (8 января 1891).