Несмелов продолжил традиции духовно-академического философствования (Ф.Голубинского, В.Кудрявцева-Платонова и др.). Основной его труд – Наука о человеке. В первом томе (Опыт психологической истории и критики основных вопросов жизни. Казань, 1889) формулируется идея философской антропологии, как «специальной науки о человеке», который рассматривается не только в биологическом, но преимущественно в личностно-духовном плане. «Загадка человека», по Несмелову, в принципиальной двойственности его бытия: с одной стороны – как «простой вещи мира», а с другой – как «формы личности», никоим образом не вписывающейся в «объективный» мир предметов и предметных отношений. Во втором томе (Метафизика жизни и христианское откровение. Казань, 1901) разрабатываются идеи христианской сотериологии, прежде всего проблема зла в человеке. Несмелов не соглашается с характеристикой зла как «простого недостатка» и признает его реальное проявление в действиях как отдельного человека, так и человечества.