В 1819 Гумбольдт оставил государственную службу, чтобы целиком посвятить себя науке; жил и работал в своем родовом поместье Тегель (ныне район Берлина), периодически выступая с докладами в Берлинской академии. Одиннадцать лет спустя вновь вошел в состав Государственного совета. Умер Гумбольдт в Тегеле 8 апреля 1835.

Гумбольдт считается основоположником философии языка, а во многом и европейской традиции теретического языкознания. В основе разработанной им лингвофилософской системы лежат кантианские идеи, хотя она и не содержит прямых заимствований, а скорее отражает общую атмосферу духовных исканий в Германии на рубеже 18 и 19 вв. (см. ГУМБОЛЬДТИАНСТВО). Его главной работой в этой области считается написанное в 1830–1835 сочинение О различии строения человеческих языков и его влиянии на духовное развитие человечества (ber die Verschiedenheit des menschlichen Sprachbaues und ihren Einfluss auf die geistige Entwicklung des Menschengeschlechts) – вступительная часть к оставшемуся незаконченым трехтомному труду О языке Кави на острове Ява (ber die Kawi-Sprache auf der Insel Jawa), посмертно опубликованному в 1836–1859 (рус. пер. 1859). В этой работе, в частности, вводится понятие внутренней формы языка. Среди других лингвистических работ Гумбольдта – О мышлении и речи (ber Denken und Sprechen, 1795), О сравнительном изучении языков применительно к различным эпохам их развития (ber das vergleichende Sprachstudium in Beziehung auf die verschiedenen Epochen der Sprachentwicklung, 1820), О влиянии различного характера языков на литературу и духовное развитие (ber den Einfluss des verschiedenen Charakters der Sprachen auf Literatur und Geistesbildung, 1821), О возникновении грамматических форм и их влиянии на развитие идей (ber das Entstehen der grammatischen Formen und ihren Einfluss auf die Ideenentwicklung, 1822), О буквенном письме и его связи со сторением языка (ber die Buchstabenschrift und ihren Zusammenhang mit dem Sprachbau, 1824).

Перу Гумбольдта принадлежат также работы по конкретным лингвистическим категориям, в частности неоконченное исследование О двойственном числе (ber den Dualis, 1827). В этом и других исследованиях Гумбольдтом были заложены принципы сопоставительного изучения грамматики и лингвистической типологии. К идеям Гумбольдта восходят также некоторые положения современной этнолингвистики и лингвистического функционализма. Многие высказывания Гумбольдта, и прежде всего его знаменитый тезис «Язык должен изучаться не как продукт деятельности (Ergon), а как деятельность (Energeia)», относятся ныне к числу наиболее часто цитируемых в лингвистической литературе.

Помимо лингвофилософских и лингвистических исследований, круг интересов Гумбольдта охватывал литературоведение, классическую филологию, теорию искусства, а также государственное право – ср., например, его первую научную работу Идеи к опыту определения границ деятельности государства (Ideen zu einem Versuch, die Grenzen der Wirksamkeit des Staates zu bestimmen, 1792).

По инициативе Гумбольдта была основана первая в Европе кафедра сравнительного языкознания, которую возглавил 27-летний Ф.Бопп, один из основоположников сравнительно-исторического языкознания. Другой последователь Гумбольдта – Г.Штейнталь, стал основоположником психологического направления в языкознании. Гумбольдт оказал влияние на К.Фосслера – главу «эстетической школы», косвенно воздействовал на развитие языкознания в Америке (ср., в первую очередь, работы Ф.Боаса и его учениКа Э.Сепира). Определенную степень зависимости своей лингвистической теории от идей Гумбольдта признавал Н.Хомский. В России лингвофилософские воззрения Гумбольдта оказали влияние, в первую очередь, на представителей Харьковской лингвистической школы (А.А.Потебня, Д.Н.Овсянико-Куликовский, 1853–1920 и др.), а также на феноменологическую концепцию Г.Г.Шпета.