Начал с публикации стихов, репортажей и очерков, однако истинное писательское лицо Крупина – автора «деревенской прозы» – проявилось в рассказах и повестях, в т.ч. в сб. Зерна, повести Варвара, Ямщицкая повесть (все 1974), с их бесхитростными историями, нередко вложенными в уста простых крестьян, с повествованием о трагических событиях на вятской земле в период братоубийственной Гражданской войны, с мечтой о «соборном» равенстве. Широкую известность принесла Крупину повесть Живая вода (1980), осуществляющая знакомый мировой литературе конца 19 – начала 20 вв. социально-психологический эксперимент на основе жизнеподобной ситуации: открытия в одной деревне некоего целебного источника, освобождающего население от пагубной русской привычки – алкоголизма, полная гротескной фантазии, юмора, иронии и грусти, оплакивающая нравственную деградацию русского мужика и надеющаяся на сказочное его исцеление «живой водой». Горестным, честным и трудным судьбам людей русского села посвящены повесть в письмах Сороковой день (1981; назв. сокращенного подцензурного варианта – Тринадцать писем, до 1987), повесть Боковой ветер (1982), Повесть о том, как... (1985) и др., проникнутые щемящей болью за разрушаемую, уходящую деревню, сострадательной любовью к сельским жителям. Примечательны постоянные любимые герои Крупина – чудаковатые мужики, доморощенные философы, мудрые юродивые, неуклюже, наивно, косноязычно умеющие выявить подлинную суть событий, сказать правду, мужественно противостоящую «лейтмотивному» для Крупина злу – лжи, пропитавшей современное общественное устройство, провоцирующей и пьянство, и социальную апатию, и нравственный индифферентизм. Тема «малой родины» в широком историческом контексте раскрывается в цикле рассказов Вятская тетрадь (1987), где строки летописей соседствуют с преданиями о старообрядцах, а воспоминания о военном детстве – с рассказом о судьбах интересных людей. Сквозная мысль об истинном величии внешне скромного, «нешумного» бытия, родственного в трактовке писателя национальному русскому характеру, в котором самоирония превалирует над тщеславием, а поиск идеала – над поиском материальных благ, проявляется и в повести На днях или раньше (1977), посвященной проблемам семейной жизни, и в рассказе Картинки с выставки (1979) и в повести От рубля и выше (1981), где стремление художника к славе, признание и даже творческий успех трактуются как путь, чреватый опасностью нравственной гибели, саморазрушения личности.

С началом «перестройки» Крупин активно выступает с «государственно-патриотических» позиций – и как тенденциозный беллетрист (роман-завещание о нравах «больной», ущербной, по мнению Крупина, творческой интеллигенции и атмосфере в писательской среде – Спасение погибших, 1988; повесть Прощай, Россия, встретимся в раю, 1991, показавшая агонию русской деревни конца 20 в., когда в отчизне Крупина установились порядки, отождествляемые писателем с нравами психиатрической больницы, – мысль, питающая повесть Как только, так сразу, 1992, составленную в форме записок врача-психиатра), и как публицист (статьи в журналах «духовной оппозиции» «Наш современник» и «Москва» – Крест и пропасть, Горе горькое – о расстреле парламента в октябре 1993; «До чего, христопродавцы, вы Россию довели...», очерк Крестный ход и др.). Сочувственная, умиротворенная тональность большинства произведений Крупина, особый вкус к народной речи, фольклору, насыщению ткани повествования частушками, поговорками, присловьями и т.п., культ смирения и подвижничества создают специфический художественный мир писателя, отталкивающий «западные» ценности – прагматизм, цинизм, сексуальную свободу и «масс-культуру» (рассказ Янки, гоу хоум!, 1995, и др.), ведущий к восхвалению традиционных семейных добродетелей (Свет любви: Книга прозы, 1990; составление сб. Мы строим дом: Книга о молодой семье, 1981), религиозного страстотерпия (повесть Великорецкая купель, 1990) и покаяния как пути к православию, которое, по убеждению Крупина, одно только спасет Россию (Слава Богу за все: Путевые раздумья, 1995, и др.).