Определенное влияние на воззрения Лаппо-Данилевского оказали учения позитивизма (в первую очередь О.Конта) и неокантианства. В своей методологии исторического познания он отстаивал идею рациональности гуманитарного знания, разрабатывал принципы научного гуманитарного исследования. В области исторических исследований Лаппо-Данилевский выделял два важнейших методологических уровня – источниковедения и исторического построения. В первом случае ученый-гуманитарий (отнюдь не только историк), обращаясь к прошлому, «воссоздает» источник в культурно-историческом контексте соответствующей эпохи. Во втором – решается задача целостной реконструкции самой эпохи, о которой «рассказывает» источник. В историко-методологических исследованиях Лаппо-Данилевского существенное место занимала проблема типологических различий естественнонаучных и гуманитарных методов, выделения и характеристики естественнонаучного и гуманитарного типов рациональности.

Умер Лаппо-Данилевский в Петрограде 7 февраля 1919.