Будучи приверженцем классического позитивизма, Ковалевский критически относился к большинству направлений европейской и русской философии, обнаруживая в них черты «архаической», с его точки зрения, метафизики. Критикуя марксизм как общефилософскую теорию, в то же время высоко оценивал вклад К.Маркса (с которым поддерживал дружеские отношения) в социологию, характеризовал последнего как «великого апостола новейшей социологии». Важнейшим социологическим законом считал закон прогресса, действующего универсально и объективно: рост солидарности в обществе, процесс «очеловечевания» природы. Особое значение Ковалевский придавал такому «материальному» фактору прогресса, как неизбежный рост народонаселения. Общественный прогресс реализуется преимущественно эволюционным путем, а революции, как правило, опасны, ущербны и даже «патологичны». Классовые противоречия и классовая борьба, по Ковалевскому, свидетельствуют о «незрелости» системы общественных отношений. В своей теории общественного прогресса он придерживался принципа исторического детерминизма, полагая, что субъективные и случайные факторы не играют в истории решающей роли.

Умер Ковалевский в Петрограде 23 марта (5 апреля) 1916.