Занимая сравнительно скромное положение в церковной иерархии – до конца жизни он оставался протоиереем и настоятелем своего, правда очень большого, собора, – отец Иоанн со временем занял выдающееся и по-своему уникальное место в русском послереформенном обществе. Во время литургии объединял толпы верующих, погружая их в состояние молитвенного экстаза. Эта соборная связь укреплялась и его даром целителя, подтвержденном многочисленными документальными свидетельствами. Ко всему этому следует добавить талант проповедника: в точных и достаточно простых, лишенных риторической красивости словах он призывал общество к покаянию, живописуя ближайшую историческую перспективу как грядущий «всемирный потоп», в котором «мир Божий вооружился в месть Божиим врагам» (Слова на новый, 1907 год). Нагнетаемый прессой ажиотаж вокруг «народного святого» (в сатирически-зашифрованной форме отраженный в рассказе Н.С.Лескова Полунощники; 1890) порой служил ему дурную службу: в 1880-е годы образовалась даже особая секта «иоаннитов», почитавшая его как новое воплощение Иисуса Христа.

На базе проповедей и дневниковых записей слагались многочисленные религиозно-учительные сочинения Иоанна Кронштадтского, расходившиеся в массе переизданий очень большими тиражами; центральное место среди них занимает Моя жизнь во Христе, или минуты духовного трезвления и созерцания, благоговейного чувства, душевного исправления и покоя в Боге (1894). Скончался кронштадтский подвижник 20 декабря 1908 (2 января 1909). Причисленный к лику святых сперва Русской православной церковью за границей, в 1990 был прославлен и Русской православной церковью: память преподобного отмечается в день кончины 20 декабря (2 января). Мощи его находятся в Свято-Иоанновском женском монастыре Петербурга.