При Лжедмитрии I судьба Филарета круто изменилась: он был не только освобожден, но и возведен в сан митрополита Ростовского (1605). При втором самозванце, «тушинском воре», его в 1608 схватили в ростовской церкви и, сорвав святительские одежды, повезли в стан Лжедмитрия II в Тушино. Там, однако же, самозванец проявил к нему «родственное» уважение (Филарет был племянником, а «вор» провозгласил себя «сыном» Ивана Грозного), повелев ему быть «нареченным» (т.е. временно назначенным до соборного посвящения) патриархом Московским и всея Руси. В 1610 Филарет возглавил посольство, направившееся из Москвы под Смоленск для переговоров с поляками о приглашении на русский престол королевича Владислава; когда же переговоры зашли в тупик (в частности, из-за нежелания Филарета согласиться на передачу Смоленска королю Сигизмунду), он был увезен отступавшими поляками на запад и пробыл долгое время в плену (проживая у гетмана Л.И.Сапеги), сына же его Михаила в 1613 избрали на царство.

Лишь в 1619, после заключения Деулинского мира, пленника удалось вернуть в Москву. Торжественно встреченный сыном, вскоре после своего приезда Филарет был соборно посвящен в патриархи. Ему был также дарован и титул «великого государя», равноценный царскому титулу; он стал соправителем своего сына, фактически – верховным правителем. Впервые на Руси высшая светская и церковная власть оказалась сосредоточенной в руках одного лица. В условиях послевоенной разрухи приоритетом патриарха было установление прочного административного порядка: по стране разослали «дозорщиков», составлялись новые писцовые книги, в Москву были призваны выборные люди с мест, укреплялось земское управление. Всевластие Филарета позволило ему создать в 1625 особую патриаршую область, целиком подчиненную первосвятителю и включавшую в себя значительную часть северных, центральных и южных земель.

В церковных делах Филарет обратил особое внимание на исправление и печатание богослужебных книг. Возобновленная в 1620 типография на московском старом печатном дворе (на Никольской улице) выпустила при Филарете беспрецедентное для Великороссии количество часословов, требников, евангелий и других изданий, которые подвергались тщательной корректуре в специальной «правильне». В правке активно участвовал и сам патриарх, написавший также ряд церковных уставов и поучений. Скончался патриарх Филарет 1 (11) октября 1633.