Основан к югу от посада, близ берега Москвы-реки сыном Александра Невского московским князем Даниилом ок. 1282. Пришедший к 16 в. в запустение, был возобновлен при Иване Грозном несколько севернее своего древнего места. Сыграл важную роль в обороне южных рубежей города, в особенности при набегах крымских татар в 16 в. Главным центром притяжения паломников пребывали здесь мощи князя Даниила (причисленного к лику святых), открытые для поклонения в 1652. Среди старых построек монастыря наиболее примечательны средневеково-барочный соборный храм Семи вселенских соборов (1555–1560; многочисленные дополнения 18–19 вв.), барочная надвратная церковь Симеона Столпника (1732), ампирная Троицкая церковь (1833–1838, архитектор О.И.Бове), а также мощные стены с башнями и вратами, относящиеся в основном ко времени Ивана Грозного. Закрытый в 1929 монастырь, вычеркнутый из числа официально курируемых историко-архитектурных памятников, варварски разрушался; был снесен, в частности, весь его погост, откуда лишь некоторые останки (Н.В.Гоголя, А.С.Хомякова, Н.М.Языкова, В.Г.Перова, Н.Г.Рубинштейна и др.) были перенесены на иные кладбища.

Обитель стала первым монастырем, возвращенным Русской православной церкви (1983). Интенсивная реставрация и новое строительство (патриаршая резиденция с церковью Всех Святых, Надкладезная и Поминальная часовни; 1990) уже во 2-й половине 1980-х годов превратили обитель в ранний очаг возрождения церковной жизни и церковного искусства. Ныне наряду с мужским монастырем здесь находятся службы Патриархата, Священного синода, Отдела внешних церковных сношений.