Шнитке – главная фигура «советского музыкального авангарда», вместе с Э.В.Денисовым и С.А.Губайдулиной (см. АВАНГАРД В РУССКОЙ МУЗЫКЕ). Для его стиля начиная со второй половины 1970-х годов характерно совмещение разнообразных современных композиторских техник на основе выдвинутой им самим концепции «полистилистики» (выдающийся музыкальный аналитик, Шнитке неоднократно публиковал свои теоретические очерки, в частности посвященные Шостаковичу и Стравинскому). В соответствии с этой концепцией речь идет о выражении «нового плюралистического музыкального сознания», которое «в своей борьбе с условностями консервативного и авангардного академизма перешагивает через самую устойчивую условность – понятие стиля как стерильно чистого явления». Как основные формы проявления этой тенденции выделяются принцип цитирования и принцип аллюзии (стилистического намека, игры в стиль). Полистилистика разрешает и предполагает интеграцию «низкого» и «высокого», «банального» и «изысканного». «Субъективная страстность авторского высказывания подкрепляется документальной объективностью музыкальной реальности, представленной не только индивидуально-отраженно, но и цитатно».

Данное высказывание композитора (относящееся к началу 1970-х годов) наилучшим образом описывает тот стиль, в котором он работал до конца своих дней. Оно объясняет и причину, по которой среди всех советских авангардистов Шнитке пользовался наибольшей известностью как в России, так и на Западе: включение «чужого слова» делало музыку более доступной слушателю, а публицистический пафос многих сочинений композитора дополнительно усиливал это качество. Кроме того, в произведениях композитора часто ощутимо «театральное» начало, возможно, идущее от его работы в прикладных жанрах и сообщающее музыке характер «звукового дизайна» – как бы комментария к некоему событию. Безусловно высокое мастерство музыканта в драматургическом построении его композиций.

Шнитке оставил обширное наследие, в котором представлены почти все основные жанры, а также их гибриды: оперы Жизнь с идиотом (по рассказу В.Ерофеева, 1991), Джезуальдо (1993), История доктора Иоганна Фауста (по народной книге о докторе Фаусте, 1994), балеты (в том числе Der gelbe Klang, Желтый звук, по В.Кандинскому, 1974, и Пер Гюнт, по Г.Ибсену, 1987), девять симфоний (Девятая – незаконченная, 1998), шесть concerti grossi, несколько концертов для солирующих инструментов с оркестром, несколько оркестровых сюит, ряд ораторий и кантат (среди них можно назвать кантату Seid nchtern und wachet... – История доктора Иоганна Фауста, 1983; Реквием из музыки к драме Шиллера Дон Карлос, 1975; Концерт для смешанного хора, на стихи Г.Нарекаци, 1985; Стихи покаянные для смешанного хора, на древнерусские тексты, 1987), очень много камерно-инструментальной музыки, в том числе четыре квартета, фортепианный квинтет, струнное трио, трио-соната, четыре Гимна для разных инструментальных составов, три фортепианные сонаты и др. Шнитке – автор музыки к художественным фильмам Агония (1974), Восхождение (1977) и др., к телефильмам Фантазии Фарятьева (1979), Маленькие трагедии (1980), Мертвые души (1984) и др., к спектаклям Утиная охота (МХАТ, 1978), Доктор Живаго (Театр на Таганке, 1993) и др.

Умер Шнитке в Гамбурге 3 августа 1998.

После кончины композитора его именем было названо музыкальное учебное заведение в Москве (Академия музыки имени Шнитке; ранее – Музыкальное училище имени Октябрьской революции).