С начала 1950-х годов в «Новом журнале» стали все чаще появляться имена писателей, принадлежавших ко «второй волне» эмиграции, оказавшейся за пределами СССР в годы Второй мировой войны и сразу после ее окончания. Одним из наиболее заметных авторов поэтического отдела стал И.Елагин, печатались О.Анстей, Н.Моршен. Вскоре начали появляться произведения советских авторов, бежавших в страны Запада или лишенных возможности печататься в СССР. В 1958 «Новый журнал» первым поместил большие фрагменты романа Б.Пастернака Доктор Живаго, а вскоре и стенограмму заседания Секретариата Союза писателей СССР, на котором Пастернак был исключен из этой организации. Впоследствии на страницах «Нового журнала» появились повесть Л.Чуковской Софья Петровна, цикл Колымских рассказов В.Шаламова, произведения А.Кузнецова, А.Белинкова. Интенсивная эмиграция из СССР в 1970–1980-е годы существенно обновила состав авторов (он пополнился участниками правозащитного движения – Е.Эткиндом и др.), расширив и круг читателей.

Вплоть до смерти М.Карповича в 1959 журнал давал в каждом номере написанный раздел «Комментарий», где касался острых проблем советской политической жизни.Однако впоследствии издание стало чисто литературным, причем ориентированным в основном на архивные и мемуарные материалы, касающиеся истории и культуры первой эмиграции. Печатались неизданные произведения Гиппиус, Бунина, Е.Замятина, Д.Мережковского, воспоминания, эссе и очерки В.Вейдле, неизвестные статьи Г.Адамовича, письма В.Ходасевича. Отдел критики почти целиком состоял из материалов, касающихся литературного наследия представителей первой волны, а также писателей, которые подверглись гонениям и запретам в СССР. Среди авторов этого отдела были М.Слоним, Ю.Иваск, М.Гофман, Ю.Офросимов. Политика с середины 1960-х годов была представлена в «Новом журнале» воспоминаниями таких деятелей, как П.Милюков, В.Маклаков, А.Керенский, Л.Дан, Вл.Бурцев.

Принципом «Нового журнала» неизменно оставался творческий плюрализм. Эта установка сохраняется редакцией по настоящее время. После падения СССР журнал отказался от попыток освещать политические события в России, став полностью литературным, хотя в нем сохранился отдел очерка и публицистики, иногда затрагивающей актуальную социологическую и идеологическую проблематику. В последние годы основная линия журнала еще более отчетливо, чем прежде, соотносится с публикациями материалов по истории русской культуры 20 в. Такие публикации поддерживают репутацию «Нового журнала» как одного из старейших русских периодических изданий, унаследовавшего традицию периодики, для которой приоритетом оставался высокий литературный уровень и культурная ценность помещаемых материалов.