По окончании средней школы и Высших литературных курсов Андреев работал художником-оформителем. Продолжал писать стихи и прозу, не имея возможности печататься. Главной темой романа Странники ночи (1937) стала новая религия, объединяющая все мировые религии. Андреев назвал ее Розой Мира.

В годы Великой Отечественной войны Андреев работал над поэмами Янтари и Германцы (не завершены). В 1942 был призван в армию, участвовал в боевых действиях под Ленинградом. В конце войны был демобилизован и работал художником-оформителем в московском Музее связи. В 1946 в соавторстве с С.Матвеевым опубликовал книгу Значительные исследования горной Средней Азии. Работа над книгой о русских путешественниках в Африке была прервана в 1947 арестом Андреева и его жены. Андреев был обвинен в подготовке террористического акта и осужден на 25 лет тюрьмы.

Отбывал заключение во Владимирской тюрьме. Его здоровье было подорвано, но творческий дух оставался крепок. Вместе с соседями по «академической» камере, историком Л.Раковым и физиологом В.Париным, написал книгу Новейший Плутарх. Иллюстрированный биографический словарь воображаемых знаменитых деятелей всех стран и времен от А до Я (опубл. в 1991). В тюрьме Андреев написал и главные произведения своей жизни – книги Русские боги (1955, опубл. в 1993), Железная мистерия (1956, опубл. в 1999) и Роза Мира (1958, опубл. в 1991). В этих произведениях воплощена его религиозно-философская система мироздания. Андреев писал, что имена носителей темных и светлых сил (Гагтунгр, Яросвет, Навна и др.), названия слоев мироздания (Энроф, Шаданакар) были услышаны им во время трансцендентальных странствий по иным мирам. Мистические откровения описаны Андреевым с помощью выразительных метафор, необычного ритмического строя и новоизобретенных слов. Поэт объяснял необходимость словотворчества следующим образом: «В словах испытанных – уют, / Но в старые меха не льют / Вина младого. / Понятьям новым – новый знак / Обязан дать поэт и маг. / Искатель слова» (Не ради звонкой красоты..., 1955).

Книгу Русские боги, в которой отражены основные события русской истории, Андреев называл поэтическим ансамблем. Она включает в себя поэмы, поэтические симфонии и стихотворные циклы. Одна из главных поэм, входящих в книгу, – Ленинградский апокалипсис. Андреев определял метод, которым она написана, как «сквозящий реализм», подчеркивая таким образом, что сквозь картины действительности проступают образы иных миров.

В Железной мистерии описана борьба светлых и темных сил в истории России и шире – во всех слоях мироздания. В Розе Мира Андреев написал метаисторию русской культуры, в том числе творимую А.С.Пушкиным, М.Ю.Лермонтовым, Н.В.Гоголем, Л.Н.Толстым и др. художниками, которых он называл вестниками. Андреев считал, что создание единой общечеловеческой религии – Розы Мира – является единственной альтернативой апокалипсису.

Освобождение писателя из тюрьмы оставалось невозможным в течение нескольких лет после смерти Сталина и 20 съезда партии, т.к. Андреев подал в комиссию по пересмотру дел заявление, в котором написал: «Я никого не собирался убивать, в этой части прошу мое дело пересмотреть. Но пока в Советском Союзе не будет свободы совести, свободы слова и свободы печати, прошу не считать меня полностью советским человеком». Он был освобожден в 1957. Выйдя из тюрьмы, Андреев продолжал работать над Розой Мира, занимался поэтическими переводами. В соавторстве с З.Рахим перевел с японского произведения Р.Хаяси.

Умер Андреев в Москве 30 марта 1959.

Андреев Д. Железная мистерия. М., 1990
Тимонина М. Даниил Андреев: «Но чаша лишь одна...» (О жизни и творчестве русского поэта и мыслителя Д.Л.Андреева). – Литературное обозрение, 1990, № 5
Андреев Д. Собрание сочинений, тт. 1–3. М., 1993
Андреев Д. Роза Мира. М., 1993
Андреев Д. Стихи. М., 1995
«О пламенном хоре, которого нет на земле». Материалы «круглого стола», посвященного творчеству Д.Андреева. – Новый мир, 1996, № 10