В 1860–1862 сотрудничал в демократических журналах («Искра», «Гудок», в т.ч. публикации эпиграмм и пародий под псевдонимом Сысой Сысоев), а также в почвенническом «Времени» (программное стихотворение Современным витиям, оспаривающее «отрицательное» направление отечественной литературы: «Я хочу во что-нибудь да верить...»). В 1865 в Орле прочел две публичные лекции о жизни и творчестве А.С.Пушкина, обозначившие окончательный отход Апухтина от демократических позиций. После длительного перерыва (за исключением журнальных публикаций в 1872–1873) с середины 1880-х годов возвращается в печать – сначала отдельными стихотворениями, а затем сборником Стихотворения (1886), принесшим ему быструю славу одного из лучших поэтов эпохи безвременья, соединившего «анакреонтический» гедонизм сибарита с грустью разочарованного идеалиста, чуждого миру лицемерия, пошлости и корысти. Прокламируемый самим Апухтиным дилетантизм его поэзии проявлялся в свободном разнообразии тем и жанров (меланхолическое размышление, сюжетный монолог, альбомная или дневниковая запись, «цыганский» романс, экспромт, дружеское послание, пародия), отличаясь при этом психологической достоверностью, мелодичным и ясным языком, легко ложащимся на память и на музыку (многие стихи Апухтина на музыку Чайковского и др. композиторов – Забыть так скоро, День ли царит, Ночи безумные, ночи бессонные... и др. – являют собой классические образцы отечественного романса).

Вызревающий в поэтическом мире Апухтина образ «лишнего человека» находит подтверждение и в поэме Год в монастыре (1885), и в героях его прозы – повестях Архив графини Д**, 1890; Дневник Павлика Дольского, 1891; в фантастическом рассказе Между жизнью и смертью, все опубл. 1895; а также неоконченном романе из предреформенной поры (опубл. 1898), критически изображающих быт и нравы светского общества.

Умер Апухтин в Петербурге 17 (29) июля 1893.