В годы Второй мировой войны ЦДТ был слит с Московским театром для детей, но сохранил свое название и художественное руководство. В 1941 был эвакуирован в Кузбасс и обосновался в Киселевске. В 1942 театр вернулся в Москву, художественным руководителем стал В.С.Колесаев. Первая премьера театра после возвращения – Далекий край Е.Л.Шварца. В 1944–1948 ЦДТ возглавлял ученик Е.Б.Вахтангова Л.А.Волков. В 1945 в ЦДТ пришел директором К.Я.Шах-Азизов, бывший актер Русского ТЮЗа в Тбилиси, директор и художественный руководитель Русского драматического театра им. А.С.Грибоедова в Тбилиси, зачинатель тюзовского движения в Грузии; с ним связана целая эпоха в реконструкции и творческой жизни ЦДТ. Труппу пополнили такие артисты, как В.Сперантова, И.Воронов, Т.Соловьев, Г.Степанова.

В 1948 ЦДТ возглавила известная актриса МХАТ О.И.Пыжова, опытный режиссер и педагог. В качестве режиссеров были приглашены Б.Бибиков и начинающий Г.Товстоногов (Где-то в Сибири И.Ирошниковой, художник В.Татлин, 1949). В 1949 театр открыл нового драматурга – В.Розова (Ее друзья), прочно связавшего свою жизнь с ЦДТ. В это время в театр пришло поколение молодых артистов-выпускников Школы-студии МХАТ, в числе которых был О.Н.Ефремов (в 1955 дебютировал в качестве режиссера, поставив водевиль В.Коростылева и М.Львовског Димка-невидимка). В 1951 в ЦДТ начала работать М.О.Кнебель (с 1955 – главный режиссер). Благодаря режиссерскому и педагогическому таланту Кнебель в 1954 в стенах ЦДТ произошло событие, во многом определившее жизнь отечественного театра: А.В.Эфрос поставил свой первый спектакль В добрый час В.Розова. В последующие годы Эфрос ставил здесь и другие произведения драматурга – В поисках радости (1957), Неравный бой (1960).

Новой ступенью в жизни театра стала постановка в 1959 Эфросом пьесы А.Хмелика Друг мой, Колька! Роли школьников исполнили учащиеся студии ЦДТ, впоследствии составившие ядро труппы, – В.Ованесов, Г.Сайфулин, И.Гулая, Б.Захарова. В 1970-е годы в ЦДТ начинали свою творческую деятельность режиссеры В.Фокин (Вечера на хуторе близ Диканьки Н.В.Гоголя), С.Яшин (Разговоры в учительской Р.Каца), Л.Эйдлин (Сказка о четырех близнецах П.Панчева). В середине 1980-х в театр пришли А.В.Бородин, новое поколение актеров (Е. и Н.Дворжецкие, А.Веселкин, А.Блохин, Ж.Балашова, Б.Шувалов, Л.Моравская и др.), режиссер Е.М.Долгина, художник С.Б.Бенедиктов, новый драматург – журналист Ю.Щекочихин (Ловушка номер 46, Рост второй, Между небом и землей жаворонок вьется). Студия при театре преобразовалась в курс ГИТИСа (РАТИ), возглавляемый профессором А.В.Бородиным, выпускники вливались в труппу театра, их дипломные спектакли украшают афишу РАМТа. За последние полтора десятилетия Бородиным поставлены такие популярные в столице спектакли, как Отверженные В.Гюго, Алеша Г.Чухрая, В.Ежова, А.Бородина, Король Лир Шекспира, Баня В.В.Маяковского, Большие надежды Ч.Диккенса, Береника Расина, Жизнь впереди Э.Ажара, Наш городок Т.Уайлдера, Одна ночь Е.Л.Шварца, Марсианские хроники Р.Брэдбери, Дневник Анны Франк.

В РАМТе работают уже три выпуска мастерской А.В.Бородина, в том числе Т.Матюхова, У.Урванцева, И.Ильин, Е.Галибина, О.Зима, В.Зотова, Н.Чернявская, Т.Чепуркова, А.Мясников и др. Рядом с ними работают признанные мастера Ю.Балмусов, Ю.Лученко, Т.Надеждина, Е.Пресникова, Л.Гнилова, Л.Гребенщикова, Н.Каширин, Г.Новожилова, Н.Терновская, С.Серов, Е.Редько, Л.Степченкова, а также старейшие артисты театра М.Куприянова, И.Воронов, Н.Шефер, Г.Печников.