С 1987 Прошкин – режиссер киностудии «Мосфильм». Уже в своей дебютной ленте Холодное лето пятьдесят третьего… (1989) он сумел совместить приключенческую интригу и зрелищность с правдивостью характеров и социальной значимостью. Фильм, в центре сюжета которого оказалось драматичное противоборство амнистированных политзаключенных (А.Папанов, В.Приемыхов) и банды уголовников, был удостоен Государственной премии СССР и приза «Ника». В 1990 сюжетом нового популярного телесериала, поставленного Прошкиным, стала биография репрессированного советского академика Николая Вавилова. В фильме Увидеть Париж и умереть режиссер в трагикомическом ключе обрисовал противостояние личности (мать виртуоза-пианиста, одержимая желанием отправить своего сына за границу) и прогнившей советской государственной машины. В 2000 Прошкиным была завершена работа над фильмом Русский бунт – новой экранизацией пушкинской Капитанской дочки. Несмотря на спорность режиссерской и актерской трактовки центральных персонажей (Пугачев в исполнении В.Машкова, Маша Миронова – польская актриса К.Грушка), фильм импонирует уважительным вниманием к историческому контексту пушкинского сюжета.