Представители МФШ были воспитаны в традициях Московской формальной (Фортунатовской) школы, почти все ее основатели (кроме Сухотина) были учениками Д.Н.Ушакова. На формирование школы повлияли также фонологические идеи Н.Ф.Яковлева и лингвистов Пражского лингвистического кружка, особенно Н.Трубецкого и Р.Якобсона. Как и их предшественники, основатели школы отвергали психологический подход к фонеме и трактовали фонему как минимальную смыслоразличительную единицу, позволяющую различать значимые единицы языка – морфемы и слова. Фонема, согласно МФШ, – это основная единица фонологического яруса языка, линейно нечленима на части, но сложна по своему устройству и включает множество признаков, например, русская фонема т одновременно является глухой, твердой, переднеязычной и т.д. В отличие от Якобсона, представители МФШ считали необходимым учитывать не только дифференциальные признаки, противопоставляющие фонему другим фонемам, но и так называемые интегральные признаки, не связанные с противопоставлениями; например, в русском ч мягкость не является дифференциальным признаком (твердого ч в русском языке нет даже фонетически, а тем более противопоставленного мягкому), но в ряде чередований ч ведет себя аналогично другим мягким; в ходе исторического развития языка интегральные признаки могут становиться дифференциальными и наоборот.

Важнейшей характеристикой фонемы, согласно МФШ, является позиция, т.е. условия употребления и реализации фонем в речи. Например, гласные фонемы русского языка могут употребляться в ударной позиции, в позиции первого предударного, других предударных, а также заударных слогов; важны также позиции соседства с теми или иными фонемами. В зависимости от позиции фонемы могут варьироваться, причем пределы позиционного варьирования фонем в МФШ, в отличие от ряда других фонологических школ, не ограничиваются. Разграничиваются вариации фонем, не влияющие на функцию смыслоразличения, например, разные оттенки а в словах мат, мать, мят, мять, и варианты фонем, влияющие на эту функцию. Примеры вариантов фонем – о/а в воды-вода (фонетически вада) или г/к в луга-луг (фонетически лук). Позиции максимального различения фонем (в русском языке это ударная позиция для гласных и интервокальная, т.е. позиция между гласными, для согласных) называются сильными, а позиции, где фонемы могут частично совпадать, – слабыми. Согласно МФШ, звуки, занимающие одно и то же место в морфемах и словах, например, о в воды и а в вода (фонетически вада), являются вариантами одной фонемы независимо от того, насколько сильно они различаются фонетически. В этом был главный пункт расхождений МФШ с Ленинградской фонологической школой, понимавшей фонему как звукотип, совокупность фонетически сходных звуков; поэтому в слове вода в трактовке Ленинградской школы усматривались две фонемы а. Представители МФШ активно выступали против такого понимания фонемы, но Кузнецов в одной из поздних работ включал в систему понятий фонологии и фонемы в смысле Ленинградской школы, называя такие единицы «звуками языка» в отличие от более многообразных «звуков речи». Единица, именуемая фонемой в МФШ, в ряде фонологических концепцией называется морфонемой; в МФШ последний термин отвергался как излишний.

Бывают случаи, когда фонема в составе морфемы употребляется только в слабой позиции, например первая гласная в слове собака. В таком случае выделяется особая единица, именуемая в МФШ гиперфонемой (термин предложен Сидоровым). В гиперфонеме частично нейтрализуются фонемные противопоставления, например, в первом слоге слова собака имеется гиперфонема а/о.

Для МФШ свойственно стремление к строго системному изучению фонологии, при котором фонемы рассматриваются в противопоставлении друг другу. Эти принципы ее представители переносили и на историческую фонологию, которой многие из них также активно занимались; в особенности это относится к Кузнецову и Аванесов. Идеи МФШ в основном применялись к описанию русского языка, но ряд работ ее представителей посвящен и другим языкам: французскому, сербско-хорватскому, тюркским языкам и др. Некоторые лингвисты МФШ, особенно Реформатский, активно участвовали в конструировании алфавитов для языков народов СССР и в разработке орфографических правил для русского языка; эти области предоставляли им возможность для практического приложения своих фонологических идей.

Хотя лингвисты МФШ до конца 1950-х годов избегали термина «структурализм», эта школа была одним из наиболее последовательных в отечественной науке направлений лингвистического структурализма, близким к Пражскому лингвистическому кружку. См. также МОРФОНОЛОГИЯ.