Московская формальная школа формировалась во времена господства исторического подхода и младограмматизма. Отдавая должное этим идеям, Фортунатов выходил за рамки младограмматических концепций и исторического подхода в целом. Увлекавшийся математикой, он стремился к математической точности и в своих лингвистических исследованиях. Если большинство языковедов 19 в. тяготели к рассмотрению языка в логических или психологических категориях, то Фортунатову было свойственно стремление изучать язык, исходя из собственно лингвистических критериев и по возможности не обращаясь к категориям других наук. Его научные интересы во многом лежали в области теории грамматики, где он стремился выявить общие законы грамматической структуры, не связанные с историческим развитием. Фортунатов занимался также типологией, сопоставлением строя языков независимо от их истории и родственных связей. Близкие подходы сохранялись у учеников Фортунатова, некоторые из них, особенно Дурново, впоследствии непосредственно обратились к структурным методам.

Не отказываясь от исторических и сравнительно-исторических исследований, представители фортунатовской школы занимались синхронным изучением языков, прежде всего современных. Областью их специальных исследований были грамматика, позднее также фонология. Значительную роль в становлении и развитии идей школы сыграла деятельность Московской диалектологической комиссии (1904–1931), развернувшей активные исследования русских, украинских и белорусских диалектов.

Школа развивалась в полемике как с представителями старого исторического подхода и с марристами (см. МАРРИЗМ) так и с Петербургской лингвистической школой И.А.Бодуэна де Куртенэ и Л.В.Щербы, которая, также стремясь к новым подходам, в большей степени ориентировалась на связь лингвистики с другими науками – сначала с психологией, позже с акустикой и физиологией. Противники часто упрекали лингвистов фортунатовской школы в «формализме», а сами ее представители признавали приоритет формы при лингвистическом анализе. Они стремились опираться на те признаки, которые не требуют обращения к интуиции и интроспекции. Примером расхождения позиций двух школ могут служить споры по вопросу о частях речи. Если для Шербы части речи – прежде всего семантические классы, имеющие основу в психике носителей языка, то для представителей московской формальной школы (Петерсон, Кузнецов, отчасти Винокур) – это классы слов, выделяемые по формальным, морфологическим признакам: склонению для имен, спряжению для глаголов и т.д.). Позже теоретические расхождения школ нашли выражение в спорах между Московской и Ленинградской фонологическими школами.

Становление структурализма в той или иной степени было воспринято многими представителями фортунатовской школы, особенно принадлежавшими к третьему ее поколению, а вышедшие из нее Трубецкой и Якобсон сыграли значительную роль в возникновении и деятельности Пражского лингвистического кружка; Якобсон позднее повлиял и на развитие американского структурализма. В частности, именно в московской формальной школе (Яковлев, Трубецкой) понятие фонемы, выработанное первоначально в петербургской лингвистической школе и отсутствовавшее у Фортунатова и его непосредственных учеников, было переосмыслено на основе отказа от психологизма и выработки строго лингвистических критериев выделения фонем; в дальнейшем усилиями Якобсона и Трубецкого этот подход занял господствующее положение в мировой лингвистике.

В советское время в Московском государственном университете и других московских лингвистических центрах влияние фортунатовских традиций всегда было значительным, хотя в столице работали и авторитетные ученые других школ, прежде всего В.В.Виноградов.