В Москве Ельцин предпринял энергичные меры по обновлению партийных комитетов районов столицы. За короткое время по его инициативе сменилась почти половина первых секретарей райкомов партии (их в городе было 32). Новые люди появились в аппаратах горкома и райкомов, исполкомов советов народных депутатов. Кадровая «чистка» не обошла стороной ни одной властной городской структуры. Первый секретарь горкома боролся с привилегиями, часто встречался с людьми, посещал различные коллективы, находил общий язык с любой аудиторией.

В 1987 в его политической судьбе произошел крутой поворот. На октябрьском пленуме ЦК КПСС Ельцин выступил с речью, которая выпадала из контекста общего разговора о 70-летнем юбилее Октябрьской революции. Выступление содержало критику члена Политбюро Е.К.Лигачева, требование более решительных реформ. Пленум осудил это выступление как политически ошибочное и отстранил Ельцина от руководства горкомом партии. Сам факт его выступления стал широко известен. Позже, на XIX партконференции, Ельцин назвал свое выступление ошибочным и просил партконференцию принять решение о его политической реабилитации.

В 1987–1989 Ельцин работал первым заместителем председателя государственного комитета СССР по строительству в ранге министра. На первых свободных выборах в марте 1989 Ельцин стал народным депутатом СССР, а затем председателем комитета по делам строительства Верховного Совета. Наряду с А.Д.Сахаровым, Г.Х.Поповым и др. он был избран сопредседателем Межрегиональной депутатской группы (более 300 народных депутатов СССР) – первой за многие парламентской оппозиции.

В 1990 Ельцин получил мандат народного депутата РСФСР и, несмотря на сопротивление партийного аппарата, был избран председателем Верховного Совета РСФСР. 12 июня 1990 Съезд народных депутатов по его инициативе принял Декларацию о государственном суверенитете РСФСР. 17 марта 1991 был проведен референдум по вопросу о сохранении СССР как обновленной федерации равноправных и суверенных республик. Гражданам России предлагался и второй вопрос: об учреждении поста президента России. «За» высказалось более 70% голосовавших, и 12 июня 1991 Ельцин был избран президентом РСФСР.

Подписание нового союзного договора, инициированное М.С.Горбачевым, было сорвано августовским (19–21) путчем 1991. Действия Ельцина, вставшего во главе сопротивления путчистам, обеспечили ему широкую популярность среди населения. 6 ноября 1991 его указом была прекращена деятельность КПСС и компартии РСФСР на территории России (впоследствии компартия России получила возможность вновь развернуть легальную политическую активность). Попытки Горбачева реанимировать подготовку союзного договора на новой основе не дали положительных результатов.

8 декабря 1991 в Беловежской пуще в Белоруссии собрались руководители трех республик – России (Б.Н.Ельцин), Украины (Л.М.Кравчук) и Белоруссии (С.С.Шушкевич) – и подписали соглашение о создании Содружества независимых государств (СНГ). 25 декабря 1991 РСФСР получила новое название – Российская Федерация. Президент России к этому времени сформировал правительство, фактическим руководителем которого стал экономист Е.Т.Гайдар.

В январе 1992 с либерализации цен начались экономические реформы, имевшие целью введение принципов рыночной экономики. За несколько дней возросли цены на продовольствие и товары первой необходимости, а вклады граждан в государственных банках обесценились. Началось противостояние между Съездом народных депутатов и президентом. Съезд постоянно вносил поправки в действующую конституцию, которые ограничивали права президента.

Советская конституция не соответствовала новым политическим и экономическим реальностям, и это противостояние достигло своей кульминации в 1993. 20 марта Ельцин указом «Об особом порядке управления до преодоления кризиса власти» попытался переломить ситуацию в свою пользу. Однако Конституционный суд 23 марта вынес заключение о неконституционности Указа, а внеочередной Съезд народных депутатов РФ 26–29 марта принял решение провести референдум о доверии президенту. В апреле 1993 прошел референдум, по итогам которого президент получил поддержку большинства голосовавших. Но итоги референдума не устранили конфронтации между президентом и народными депутатами.

Указом от 21 сентября 1993 Ельцин прекратил полномочия народных депутатов и назначил выборы на 12 декабря. Верховный Совет не подчинился его решению, объявил о смещении Ельцина с поста президента и возложил президентские обязанности на вице-президента А.В.Руцкого. В ответ Ельцин организовал блокаду здания Верховного Совета, в Москву были введены войска. 3 октября 1993 сторонники Верховного Совета штурмовали здание мэрии Москвы и телецентр «Останкино». 4 октября правительственные войска расстреляли из танков здание Верховного Совета, что решило исход противостояния.

12 декабря 1993 состоялись выборы в Государственную думу и референдум по проекту новой конституции Российской Федерации. За принятие новой конституции высказалось 58,4% голосовавших. Депутатский корпус Думы и первого (1993), и второго (1995) созывов в большинстве своем стоял в оппозиции к президенту. Однако права законодателей по новой конституции были существенным образом урезаны.

Экономическая реформа, ограничившаяся либерализацией цен и приватизацией ряда государственных предприятий, принесла противоречивые результаты. С одной стороны, появился рынок сырья, товаров и ценных бумаг, возникли и начали развиваться банковская и биржевая системы. С другой стороны, произошел резкий спад производства во всех секторах экономики, резко выросли цены на товары и услуги, уровень жизни населения значительно снизился.

В 1994 для поддержания конституционного порядка по распоряжению Ельцина в автономную Чеченскую республику были введены федеральные войска. Боевые действия в Чечне привели к многочисленным жертвам среди военных и гражданского населения и завершились отводом федеральных войск (1996). Последующие действия чеченских боевиков, имевшие целью широкую экспансию на Северном Кавказе, вынудили Ельцина возобновить боевые действия в Чечне (сентябрь 1999).

8 декабря 1999 был заключен договор о союзном государстве между Россией и Белоруссией. 31 декабря 1999 Ельцин подал в отставку с поста президента.