В 1896 Конноли переехал в Дублин и основал Ирландскую социалистическую республиканскую партию (ИСРП), ставившую своей целью национальное освобождение Ирландии. В 1898 начал издавать газету «Уоркерс рипаблик» («The Worker's Republic»), чтобы содействовать распространению программы ИСРП. Вместе с ирландской актрисой Мауд Гонн провел демонстрации против организованных в 1897 властями Дублина торжеств в честь 60-летия правления королевы Виктории, а также против планировавшихся визитов королевы и других членов королевской семьи в Ирландию.

В 1902 американский социалист Д.де Леон финансировал поездку Конноли с лекциями по США, где его представляли как ирландского католического социалиста. В 1903 Конноли эмигрировал в США, участвовал в создании организаций Индустриальные рабочие мира (ИРМ) и Ирландская социалистическая федерация (1905), выступал с лекциями, сотрудничал с социалистической прессой, был издателем, редактором, автором газеты «Арп» («The Harp») и написал свои основные книги и памфлеты. Среди них – Рабочий класс в истории Ирландии (Labour in Irish History, 1910), Рабочее движение, национальный вопрос и религия (Labour, Nationality, and Religion), Социализм в популярном изложении (Socialism Made Easy) и Старое вино в новых мехах (Old Wine in new Bottles). В этих работах сформулирована его концепция социалистической гаэльской республики Ирландии, независимой в экономическом, политическом и культурном отношении от Великобритании и США.

После возвращения в 1910 в Ирландию вместе с Дж.Ларкином возглавлял крупнейший профсоюз Ирландский союз транспортных рабочих-докеров, возчиков, грузчиков.

Конноли руководил знаменитой дублинской стачкой в августе 1913 – январе 1914. Полицейские налеты на демонстрантов Ирландского союза транспортных рабочих Ирландии побудили Конноли создать Ирландскую гражданскую армию. После отъезда Ларкина в 1915 в США для сбора средств Конноли возглавил Ирландский союз транспортных рабочих.

Первую мировую войну Конноли рассматривал как возможность для Ирландии добиться независимости. Конноли был назначен военным руководителем восстания, ставившего целью провозглашение независимой Ирландской Республики, и командовал вооруженным выступлением, которое началось на второй день Пасхи в понедельник 24 апреля 1916 с захвата главного почтамта Дублина. Восстание было жестоко подавлено. Вместе с другими руководителями восстания Конноли был приговорен к смертной казни и расстрелян в Дублине 12 мая 1916.