Воинственный характер Скалигера проявлялся и в его научных занятиях. Он спорил с Эразмом Роттердамским, утверждавшим, что итальянские филологи, называющие себя «цицеронианцами», обращают христианскую Европу в язычество, а также ввязался в полемику с Ф.Рабле и другими гуманистами. Среди его полемических трудов выделяются Упражнения (Exercitationes, 1557), где он спорит с итальянским ученым Дж.Кардано. Подвергнув критическому анализу научные и философские взгляды Кардано, Скалигер написал учебник, который использовался в школах все время, пока господствовала Аристотелева физика. Скалигер также внес вклад в развитие биологии и ботаники и еще до К.Линнея (1707–1778) указал на необходимость точной классификации растений и животных. Помимо множества стихов он издал первую латинскую грамматику, основанную на научных принципах, – О латинском языке (De causis linguae Latinae, 1540). Однако главный труд его жизни – трактат Поэтика (Poetica, опубл. 1561), где была окончательно разработана ренессансная система жанров. Идеи Скалигера легли в основу нормативной эстетики классицизма и сохранялись в европейской критике вплоть до эпохи романтизма. Умер Скалигер в Ажене 21 октября 1558.