Литературное наследие Эсы включает переписку, статьи в периодике, путевые очерки, рассказы, романы и повести. Постоянная у него тема родной страны звучит то элегически-возвышенно, то с долей сарказма. Последний особенно заметен в очерках, которые писатель публиковал с 1872, сотрудничая в выходившем под редакцией Рамалью де Ортигана сатирическом издании «Аш фарпаш» («Колючки»). Шедевром творчества Эсы в этом жанре стала Переписка Фрадике Мендеса (Correspondencia de Fradique Mendes, 1891).

В художественной прозе Эса де Кейрош испытал влияние французских авторов. Так, увлечение экзотикой было навеяно Г.Флобером, сказавшись в целом ряде произведений Эсы, в том числе в Переписке Фрадике Мендеса и особенно в Мандарине (O mandarim, 1879). Влияние французского натурализма очевидно в Преступлении падре Амару (O crime do Padre Amaro, 1871), а также в Кузене Базилиу (O primo Basilio, 1878) и Семействе Майя (Os Maias, 1888). Однако сильную сторону этих произведений составляет не клиническая картина общественных язв, а романтические наброски Лиссабона и провинциальных пейзажей и иронические зарисовки второстепенных персонажей. В романе Город и горы (A Cidade e as serras, 1889, опубликован посмертно) ирония и сатира уступают место лирическому описанию прелестей деревенской жизни.