Беттельхайм считал, что наилучшим подходом к лечению аутизма являются не принудительные меры, а постоянный контакт и поддержка со стороны медицинского персонала. Заметным явлением стали публикации Беттельхайма, основанные на его опыте и наблюдениях: Любви недостаточно (Love Is Not Enough, 1950), Беглецы от жизни (Truants from Life, 1955), Опустевшая крепость (The Empty Fortress, 1967), Дом для сердца (Home for the Heart, 1974). Высказанное в Опустевшей крепости мнение, что аутизм является результатом неправильного обращения родителей с ребенком, теперь считается спорным, поскольку выявлена важная роль генетической компоненты этого заболевания.

Беттельхайм внес значительный вклад в разработку проблем коллективного поведения в современном обществе, особенно анализ психопатологических явлений в нацистских концентрационных лагерях. Ключевой работой в этой области является его статья Индивидуальное и массовое поведение в экстремальных ситуациях (Individual and Mass Behavior in Extreme Situations, 1943). Тема массового поведения наиболее полно раскрыта в книге Знающее сердце (The Informed Heart, 1960).

Среди работ Беттельхайма – Дети мечты (Children of the Dream, 1960), анализ личностного развития в израильских киббуцах; Польза зачарованности (The Uses of Enchantment, 1976), исследование сказок, показывающее их позитивную роль в овладении детьми внешним миром; Фрейд и душа человека (Freud and Man's Soul, 1983), где высказывается мнение о неадекватности американских переводов Фрейда.