С самого начала его поддерживал друг Абдалла ат-Таиша (Халифа) из арабской этнической группы баггара. Абдалла побудил его двинуться в Кордофан, где он мог бы расположить к себе воинственный народ и поднять его на восстание. В мае 1881 египетские власти вызвали Мухаммада бен Ахмада в Хартум для объяснений, но он отказался подчиниться. Провозгласив себя махди, он призвал к джихаду против неверных. Чтобы уничтожить махди и его последователей, египетский наместник Рауф-паша послал вооруженный отряд в 200 человек. 11 августа отряд высадился на остров Абба и атаковал махдистов. Не имея огнестрельного оружия, махдисты скрывались до наступления темноты, а затем окружили противника и разбили его наголову. Одержав победу, махди выступил в Кордофан, район более обособленный и защищенный от нападения. В Джебель-Гедире Мухаммад бен Ахмад одержал верх над сторонниками Юсеф-паши, мудира (правителя) Фашоды (Кодока). В мае 1882 египетское правительство бросило против махди армию численностью 6000 человек, которая была также разбита. Эта победа значительно укрепила позиции махди. В начале ноября 1882 он напал на Эль-Обейд, а 18 января 1883 вынудил египетский гарнизон капитулировать. После этого Махди сделал Эль-Обейд своей резиденцией.

Попытки подавить восстание махди были продолжены. Во главе десятитысячной египетской армии в Судан был послан Уильям Хикс (Хикс-паша). 3 ноября 1883 махди нанес поражение египтянам в Кашгиле. После этого почти весь Судан оказался под его контролем. В декабре 1883 капитулировал Слатин-паша, бывший австрийский офицер, ответственный за оборону Дарджура. Англичане направили генерала Чарлза Джорджа Гордона в Хартум для эвакуации в Египет живших в Судане европейцев. Предполагалось, что Гордон, популярный генерал-губернатор Судана, вступит в переговоры с махди. По прибытии в Хартум Гордон 18 февраля 1884 предложил махди признать его правителем Кордофана, разрешить работорговлю и установить с ним торговые сношения при условии, что махди освободит пленников. Махди не принял это предложение и 22 августа двинул войска на Хартум, а в октябре осадил город. Вскоре запасы в городе истощились, положение стало критическим и в ночь с 25 на 26 января 1885 махди взял город штурмом. Генерал Гордон был убит на ступенях своего дворца. Окрыленный успехом, махди перенес свою резиденцию в Хартум, изолировал страну от внешнего мира и даже запретил паломничество в Мекку. Умер Махди в Омдурмане 22 июня 1885, назначив своим преемником Абдаллу ат-Таиша.