Бодуэн де Куртенэ был одним из самых влиятельных лингвистов России конца 19 – начала 20 в. Многие его идеи носили глубоко новаторский характер и значительно опередили свое время; весьма распространен взгляд на него как на своего рода «восточноевропейского Соссюра» (см. СОССЮР, ФЕРДИНАНД ДЕ), чему способствовала его роль в создании фонологии – одного из самых «структуралистских» разделов науки о языке. Идеи Бодуэна разбросаны по многочисленным небольшим статьям, затрагивающим разнообразные проблемы лингвистики, прежде всего общего языкознания и славистики; следует отметить, что популяризации этих идей весьма способствовала деятельность таких ученых, как Р.О.Якобсон, Н.С.Трубецкой, Е.Курилович.

Лингвистику Бодуэн рассматривал как психологическую и социальную науку; занимая позиции психологизма, считал единственной реальностью язык индивидуума, однако в то же время стремился к объективному подходу к языку, одним из первых поставил вопрос о точных методах в лингвистике, предлагал выделять слова на основе строгих процедур. Впервые в мировой науке разделил фонетику на две дисциплины: антропофонику, изучающую акустику и физиологию звуков, и психофонетику, изучающую представления о звуках в человеческой психике, т.е. фонемы; впоследствии эти дисциплины стали называть соответственно фонетикой и фонологией, хотя некоторые из непосредственных учеников Бодуэна пытались сохранить его терминологию. Ввел в науку о языке термины «фонема» и «морфема» в их современном понимании, объединив в общем понятии морфемы как минимальной значимой единицы языка понятия корня и аффикса. Одним из первых отказался считать лингвистику только исторической наукой и изучал современные языки. Исследовал вопрос о причинах языковых изменений, занимался социолингвистикой, теорией письма, участвовал в разработке реформы русской орфографии, осуществленной в 1917–1918. Отредактировал и дополнил словарь В.И.Даля. Полемизировал с логическим подходом к языку, младограмматической концепцией звуковых законов, использованием в науке о языке метафоры «организма».

Сам называвший себя «автодидактом» и не считавший себя ничьим учеником, Бодуэн создал целых две крупных лингвистических школы: Казанскую (Н.В.Крушевский, В.А.Богородицкий и др.) и позднее Петербургскую (Л.В.Щерба, Е.Д.Поливанов и др.).