Бенеш – один из основателей Малой Антанты, автор Женевского протокола 1924, входил в руководящие органы Лиги наций. Стал президентом Чехословакии после отставки Масарика. 5 октября 1938 – после вступления в силу Мюнхенского соглашения от 28 сентября и оккупации Судетской области Германией – вынужден был оставить пост президента. Эмигрировал в США, в 1939 преподавал в Чикагском университете. 21 июля 1940 организовал временное правительство (Национальный совет) в Лондоне, признанное союзниками преемником правительства первой Чехословацкой Республики.

9 марта 1945, после освобождения страны советскими войсками, чехословацкое правительство в эмиграции вылетело из Лондона в Москву, где 18 марта к нему присоединился Бенеш. Состоялась совместная с представителями освобожденных районов Чехословакии конференция по реорганизации правительства. 1 апреля Бенеш выехал из Москвы в Кошице, где ему было предложено возглавить правительство. В Кошице его приветствовал новый премьер-министр, представитель левых сил З.Фирлингер. 16 мая, после более чем 5-летнего отсутствия, Бенеш и его кабинет вернулись в Прагу. На всеобщих выборах в мае 1946 коммунисты получили 38% голосов. 19 июня учредительное национальное собрание избрало Бенеша президентом, а коммуниста А.Запотоцкого – председателем парламента. 3 июля 1946 премьер-министром стал коммунист К.Готвальд.

В середине февраля 1948 коммунистические лидеры во главе с Готвальдом выступили с требованием о формировании нового правительства. 25 февраля 1948 Бенеш заявил, что будет действовать во имя спасения страны и ради того, чтобы предотвратить кровопролитие.

9 мая 1948 находившийся под контролем коммунистов парламент принял новую Конституцию, на выборах 30 мая был избран парламент, в котором большинство мест получили коммунисты. 7 июня 1948 Бенеш ушел в отставку, не подписав текста конституции. Умер Бенеш в Сезимово Усти (в 90 км южнее Праги) 3 сентября 1948.