По всей вероятности, появление Протоколов было инспирировано публикацией в 1868 главы из псевдоисторического романа Германа Гёдше (писавшего под псевдонимом сэра Джона Ретклифа) Биарриц – Рим. Она в зловещих тонах описывала встречу на одном из пражских кладбищ представителей двенадцати колен Израилевых и их заговор против мира. Впоследствии Гёдше утверждал, что позаимствовал этот эпизод из проповеди некоего раввина из Львова. Однако исследования показали, что Гёдше приспособил для своих целей идеи, найденные им в малоизвестной книге Мориса Жоли Диалог в аду (Dialogue aux enfers entre Machiavel et Montesquieu, 1864), содержавшей, в форме диалога между Монтескье и Макиавелли, политические нападки на Наполеона III. Диалог в аду впоследствии составил существенную часть текста Протоколов.

В 1905 Сергей Александрович Нилус добавил Протоколы в качестве приложения к своей книге Великое в малом, или антихрист как близкая политическая возможность. Несмотря на то, что Протоколы появились во Франции и попали в Россию несколькими годами раньше, это была первая их публикация. В 1911 вышло новое издание этой книги под названием Великое в малом. Близ грядущий антихрист и царство диавола на земле. В более поздних изданиях Протоколов в роли председательствующего выступал основатель сионизма Теодор Герцль или писатель и философ Ахад ха-Ам, а местом действия назывался 1-й Сионистский конгресс, состоявшийся в Базеле в 1897.

Во время Первой мировой войны агенты российского Охранного отделения передали перевод Протоколов разведывательным службам союзников. Однако ни одно правительство не восприняло всерьез информацию о существовании тайного заговора, хотя многочисленные рукописные копии версии Нилуса распространялись частным образом, их зачитывали и обсуждали на подпольных конференциях. В России Протоколы использовались также с целью шантажа еврейских общин, которым предлагалось заплатить за то, что они не попадут в печать. К 1920, после окончательной победы большевизма, идея существования еврейского заговора вновь обрела благодатную почву, и различные версии Протоколов публиковались во Франции, Германии, Англии и США. В 1921 лондонская газета «Таймс» опубликовала сравнительный анализ текста Протоколов и книги Жоли Диалог в аду, демонстрируя источник плагиата. В середине 1930-х годов в Берне состоялось несколько судебных процессов, на которых рассматривалось нарушение швейцарских законов в результате распространения подобной литературы. В 1990-е годы произведения С.А. Нилуса, в том числе и книга Великое в малом, стали вновь публиковаться в России.