Мишна состоит из шести основных разделов, каждый из которых включает несколько трактатов. Каждый раздел посвящен определенной области законов. Первый раздел, Зераим (Семена), определяет земельные отношения. Его предваряет большой вступительный трактат Берахот (Благословения), содержащий правила молитвы и благословений. Второй раздел, Моэд (Праздник), устанавливает законы субботы и праздников. Третий – Нашим (Женщины) – определяет порядок брака и развода, а также родственные отношения. Четвертый – Незикин (Ущербы) – рассматривает вопросы, связанные с гражданским и уголовным правом. Дополнением к четвертому разделу является трактат Пирке Авот (Изречения отцов) – собрание этических норм и нравственных поучений таннаев. Пятый раздел, Кодашим (Святыни), содержит абстрактные рассуждения о храмовом ритуале и трактует главным образом пищевые запреты. Шестой раздел, Техарот (Чистота), рассматривает предписания о ритуальной чистоте.

Мишна стала основным текстом, изучавшимся и обсуждавшимся в академиях Палестины и Вавилонии. Эти дискуссии, сведенные впоследствии в Гемару, вместе с текстом Мишны составляют Талмуд.