Из-за своих аскетических наклонностей и мистических взглядов Баязид получил прозвище «Вели» («Святой»). Он столкнулся с претензиями на трон со стороны своего брата Джема, войско которого ему все же удалось разбить (1482). Джем бежал в Европу, где пытался заручиться поддержкой в борьбе против Стамбула. Умер Джем в 1495. Затем Баязид вынужден был вести войну с Венецией, пытавшейся вернуть земли в Далмации, а также Эгейские владения. В результате четырехлетней войны (1499–1503) он одержал победу над венецианскими сухопутными и военно-морскими силами и захватил всю Морею (Южная Греция). Завоевание Баязидом последних венецианских владений в Далмации обеспечило сильные позиции его преемникам для последующего продвижения в Венгрию.

На востоке Баязид установил контроль Османской империи над всем Черным морем, захватив в 1501 его восточное побережье. Он унаследовал пограничные конфликты с империей мамлюков в Сирии и Египте, а также с династией Сефевидов, пришедшей к власти в Иране. Однако Баязид никогда не доводил столкновения на восточных границах до открытых войн, что позволило ему укрепить империю, созданную его предшественниками. Это дало возможность младшему сыну и преемнику Баязида Селиму I сосредоточить усилия на завоевании арабских земель, а стратегические позиции, завоеванные им на Балканах, послужили основой для последующих завоеваний в Европе, осуществленных преемником Селима Сулейманом I Великолепным.