Лопатин определял собственную систему как конкретный спиритуализм или персоналистическую метафизику. Он разделял вывод своего друга Вл.С.Соловьева о кризисном состоянии европейской философии второй половины 19 в. Лопатин видел причину в отказе современной философии от онтологизма и в превращении ее в «служанку» уже не богословия, а науки. Опыт отрицания метафизической традиции (прежде всего в позитивизме) оказался чреват утратой философским знанием подлинной самостоятельности и даже идентичности. Лопатин по сути ставил и решал задачу «возрождения» метафизики, но с учетом реальных «догматических» иллюзий прежних метафизических систем. Метафизическое знание, в его трактовке, существует в двух вариантах: ориентированном на рациональное обоснование неопытных истин (онтология разума) или основанном на вере в некоторые логически не доказанные принципы (онтология веры). Примером метафизики веры, по Лопатину, являются разнообразные материалистические системы. Материализм не выдерживает логической проверки, т.к. сама идея материи противоречива и при наиболее последовательном развитии лишает действительность реального качественного многообразия жизненных форм, превращая мир в «бездушный механизм».

Классическими типами онтологии разума Лопатин считал рационалистические системы Спинозы и Гегеля. Признавая философское значение европейского рационализма, он, тем не менее, полагал, что и на этом пути невозможно достичь действительного понимания отношения идеального и реального, абсолютного и индивидуального, поскольку рационализм «подменяет» реальные отношения и связи – логическими. Лопатин вводит понятие «творческого ума», который только и способен понять природу сущего, действуя совместно с разумом «рефлексивным». Истинно же сущим должен быть признан дух, и сделать это доказательно в состоянии лишь спиритуалистическая философия. Последняя опирается на самое реальное для человеческой личности, на ее «трансцендентную основу», которой является дух человека, его сознающее «я». Решительно отвергая солипсизм, Лопатин считал возможным перейти от принципа «духовности» отдельного человека к признанию реальности «чужой одушевленности» и далее к «трансцендентному предположению» о духовности мира в целом («дух и только он есть общая субстанция всякой реальности в любых формах»).

Универсальная духовность бытия, по убеждению Лопатина, позволяет признать реальность человеческой свободы, а вместе с ней возможность подлинно нравственных и подлинно творческих действий. Спиритуалистическая онтология не допускает перенесения механических закономерностей в область духовных явлений, а ведь именно они составляют суть бытия. Поэтому у человека нет оснований отрекаться от убеждения в свободном характере своего нравственного выбора и творческих усилий. По поводу вопроса о реальном единстве сознания Лопатин полемизировал с Вл.С.Соловьевым. Последний считал необоснованным картезианский тезис о непосредственной данности индивидуальному сознанию соственной духовной субстанциональности. Лопатин встал на защиту позиции Декарта, убежденный, что именно рефлексия индивидуального «я» становится основой для понимания смысла человеческого и мирового бытия.