Основные труды Бэра посвящены вопросам эмбриогенеза. Наибольшую известность получили его исследования по эмбриологии позвоночных. Он впервые описал яйцеклетку и хорду у млекопитающих (в том числе у человека). Изучая развитие зародышей птиц, пресмыкающихся, земноводных, рыб и млекопитающих, он предложил теорию зародышевых листков и сформулировал основные закономерности развития организма. Выделил у зародыша два основных, первичных слоя – эктодерму и энтодерму. Установил, что в ходе эмбриогенеза сначала появляются самые общие признаки типа, к которому относится животное, затем последовательно развиваются признаки класса, отряда, семейства, рода и т.д. Эти труды окончательно развенчали концепцию, согласно которой животное в сформированном виде незримо присутствует уже в сперматозоиде. Бэр основал Санкт-Петербургское географическое и этнографическое общество. Среди его наград – медаль Копли Лондонского королевского общества (1867). Основные труды ученого – Послание о развитии яйца млекопитающих и человека (Epistola de ovi mammalium et hominis genesi, 1827), История развития животных (ber die Entwickelungsgeschichte der Thiere, 1828; 1837), Исследование развития рыб (Untersuchungen ber die Entwickelung der Fische, 1835). Умер Бэр в Дерпте 28 ноября 1876.