Основные работы Кохера посвящены физиологии, патологии и хирургии щитовидной железы. Кохер первым описал симптомы тиреотоксикоза (1883) и сделал удачную операцию по удалению щитовидной железы. Занимался проблемами базедовой болезни, зобного кретинизма, иодной профилактики зоба, оперативного лечения патологий щитовидной железы. Предложил оригинальный метод вправления вывиха плеча, способ оперативного доступа к внутренним органам и крупным суставам, провел исследования по антисептике, предложил использовать препарат висмута для лечения ран. Разработал ряд хирургических инструментов: кровоостанавливающий зажим, зонд для операции зоба, стеклянную дренажную трубку, желудочный зажим (теперь они носят его имя). Руководство по оперативной хирургии (Chirurgische Operationslehre, 1894) Кохера считается классическим трудом в данной области. Умер Кохер в Берне 27 июля 1917.